大学士阿桂、钮祜禄·和珅和王杰，这表明了他在乾隆帝心中的重要地位。
乾隆帝还亲自作诗赞美福康安，诗中提到：“金川领兵，已着伟名。几处封疆，吏肃政成。解围擒逆，能人不能。崇封殊爵，嘉尔忠诚。”这充分表达了乾隆帝对福康安在金川之役和平定台湾起义中的英勇表现的肯定。
在处理台湾问题上，福康安不仅展现了他的军事才能，还表现出了卓越的政治智慧。他亲自考察了台湾的情况，并向乾隆帝上疏提出了处理台湾问题的十六项善后措施，其中包括强化军事训练、清除奸佞、整顿吏治、改革邮政等，旨在消除台湾再次发生民变的隐患。乾隆帝对福康安的建议一一采纳，并付诸实施。
乾隆五十三年（1788年）十一月，福康安被调任为闽浙总督。然而，就在次年（1789年）正月，由于两广总督孙士毅在安南（今越南）的军事行动中失利，未能成功扶持后黎朝的黎维祁，乾隆帝决定调派福康安为两广总督，负责处理安南事务。
福康安于乾隆五十四年（1789年）二月抵达兴化府，并提出了通过军事威慑迫使西山朝的阮惠畏惧清军实力，进而请求和谈的战略。这一策略得到了乾隆帝的高度认可。到了三月，福康安到达镇南关（今友谊关），在阮惠多次请求投降的情况下，清廷最终决定停止军事行动，接受对方的投降。
然而，在这段时间内，福康安也遭遇了一些波折。和珅之弟、巡漕御史钮祜禄·和琳参奏湖北按察使李天培，指控其利用湖广粮船私运木材。调查过程中，发现福康安曾致信索取木材的事实。乾隆帝对此事非常重视，命令福康安自我检讨，并处罚他三年的总督养廉银，另外加上十年的公俸，虽然福康安被革职留任，但很快乾隆帝便减免了这一处罚，显示出乾隆帝对福康安的宽容和信任。
六、驱廓保藏
乾隆五十三年（1788年），廓尔喀沙阿王朝因为不满西藏当局征收的贸易税过高，派兵入侵西藏边境。到了乾隆五十六年（1790年），廓尔喀再次兴兵，这一次直接侵犯了班禅额尔德尼驻锡的日喀则地区，造成了大量的破坏和抢劫。面对这一严峻形势，驻藏大臣保泰表现出了软弱的态度，甚至考虑将达赖喇嘛和班禅转移至青海避难。