1768年，嵇璜在担任河东河道总督期间遇到了漕运粮食船只过津的问题。由于船只过津时间长短不一，引起了乾隆帝的不满。嵇璜承认这是由于官员办事不力和催促不到位所致。乾隆帝对此事进行了批示，并指示相关部门调查处理。最终，嵇璜被调离了河道总督的岗位，改任工部尚书。这次调动标志着嵇璜结束了在治河前线的工作，转入了中央政府的更高职务。
1769年，嵇璜再次遭遇挫折。有人举报他在担任河道总督期间未能有效甄别下属官员的表现，导致工作效率低下。乾隆帝对此作出了批示，嵇璜因此被降三级使用，并补任都察院左副都御史。同年五月，嵇璜在与刑部共同审理案件时，因刑部错误定罪而嵇璜未能详加审查，导致他在文书上签字确认，结果再次受到降一级留任的处分。
尽管经历了多次波折，嵇璜仍然在官场上稳步前行。1771年，他被任命为工部右侍郎。1773年五月，嵇璜再次被提升为工部尚书，同年八月，调任兵部尚书，并担任经筵讲官。1774年，嵇璜担任《四库全书》正总裁，并且是会试的正考官。
1775年四月，乾隆帝驻跸香山行宫时，嵇璜因未按规定前往参见，再次受到降三级的处分。同年十二月，他又被调回工部尚书的职位。1779年十二月，嵇璜兼任翰林院掌院学士，并随后调任吏部尚书兼协办大学士。1780年，嵇璜在年度考核中表现优异，被加一级，并在六月被任命为教习庶吉士，九月被授予文渊阁大学士兼国史馆、三通馆正总裁等重要职务。
嵇璜在京任职的二十余年里，主要工作集中在文化典籍的编纂上。他主持编写的《河源纪略》是对河流源头的研究成果，而《四库全书》则是中国古代最大的一部综合性丛书，包含了古代文献的精华。此外，他还参与了“清三通”（《续文献通考》、《续通典》、《续通志》）的编纂工作
四、老成谋国
1781年夏季，黄河青龙岗段发生决口，泛滥的河水经赵王河汇入大清河，最终流入大海。尽管嵇璜已经远离河工多年，但他依然关心着治河事务。在经过一番实地考察后，嵇璜前往热河面见乾隆帝，提出了一个大胆的建议——让黄河恢复北流，重返山东故道。这一提议在当时引起了轩然大波，