时所表现出的一些不足，如过于自负等性格上的弱点，嘉庆帝多次提醒他要克服这些缺点，以便更好地完成任务。
不久之后，那彦成又被调任为两广总督，主要负责广州的对外贸易事务以及打击沿海地区的海盗活动。在这段任职期间，那彦成采取了灵活的策略，通过奖赏或赦免的方式成功招降了五千余名海盗，有效地削弱了海盗势力，保障了海上贸易的安全。
然而，那彦成在处理海盗问题时，也因过度使用赏赐的方法而受到批评，甚至因此遭到了弹劾，并被发配至伊犁军台，以示惩罚。
不过，那彦成的才能并没有被完全埋没。嘉庆十二年（1807年），他再次被朝廷重用，先后担任了喀喇沙尔办事大臣、西宁办事大臣及江南副河道总督等职。到了嘉庆十四年（1809年），他又回到了陕甘总督的岗位，继续为国家效力。
五、平定教乱
嘉庆十八年（1813年），中国北方地区爆发了由天理教领导人林清和李文成主导的大规模起义。此次起义迅速发展，对清廷构成了严重威胁。起义军在多个地区活动，其中林清在北京郊区的黄村组织起义，而李文成则在河南滑县领导另一支起义队伍。
面对日益严峻的局面，清廷最初命令直隶总督温承惠负责镇压，但由于温承惠未能有效控制局势，清廷决定派遣更有经验的那彦成前往指挥。那彦成当时担任陕甘总督，因其在之前的平叛行动中有过成功的经历，被任命为钦差大臣，负责协调直隶、山东、河南三地的清军力量，全力镇压起义军。此外，清廷还调派了杨遇春协助作战，加强了镇压力量。
那彦成接到命令后，立即从陕西潼关出发，率领军队经孟津渡过黄河，抵达河南卫辉。在卫辉，那彦成了解到滑县一带起义军人数众多，达到了三万之众。面对如此庞大的起义军，那彦成并没有贸然进攻，而是采取了更为谨慎的战略，集结兵力，对起义军进行了包围。
在准备充分的情况下，那彦成指挥清军对起义军实施了围剿。起义军虽然人数众多，但在清军严密的包围下，逐渐陷入了困境。最终，起义军的主要领导者李文成和他的几位主要同伴在被围困的情况下选择了自焚，以身殉道，表明了他们坚定的信念和对抗到底的决心。