革除四品卿衔，发配伊犁“效力赎罪”。
林则徐在赴戍途中，于七月经京口（今江苏镇江），遇见老友魏源，赠送《四洲志》等资料，并嘱咐其撰写《海国图志》。八月，因黄河在河南开封祥符决口，酿成水患，林则徐奉旨前往祥符工地“效力赎罪”。道光二十二年（1842年）二月，河工竣工后，林则徐仍被遣戍伊犁。在与妻子告别时，林则徐写下“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的诗句，表达了他为国为民的决心。
十一月初九日（12月10日），林则徐抵达伊犁，并将赴戍途中的经历记录在《荷戈纪程》中。在新疆期间，他继续关心东南战事，并写下许多爱国抗战的诗篇。他带病研究新疆史地，探讨防边强边之策。
道光二十三年（1843年）秋冬，林则徐协助伊犁将军布彦泰办理阿齐乌苏废地垦务。道光二十四年（1844年）五月，林则徐自请捐资修建阿齐乌苏荒地的龙口水渠。九月，工程竣工后，经布彦泰奏请，林则徐被派往库车、阿克苏等地勘察开垦事宜。次年（1845年）二月起，林则徐历时三万里，历勘库车、阿克苏、乌什、和田、喀什噶尔、叶尔羌及伊拉里克、塔尔纳沁等地，倡导兴修水利，在伊犁开辟了五十七万八千余亩荒地，并推广坎儿井和纺车技术，被当地人民称为“林公井”和“林公车”。
通过实地考察，林则徐意识到沙俄对新疆的潜在威胁，向驻边大臣呼吁加强边防，绘制边境卡伦地图，并建议实行兵农合一制度，增强边防力量。
八、再获启用
道光二十五年（1845年）九月，林则徐被释放回京，并以四五品京堂的身份候补。同年十一月，清廷重新起用林则徐，任命他以三品顶戴署理陕甘总督。这一任命标志着林则徐的政治生涯再次迎来转机。
道光二十六年（1846年）四月，林则徐被正式任命为陕西巡抚，并于同年七月抵达陕西上任。此时的陕西正处于社会矛盾尖锐的时期：鸦片战争期间，清廷为筹集军费，调拨陕西征收的盐税，并强令陕西捐款一百多万两白银；鸦片战争后，清廷向外国侵略者支付赔款，陕西再次承担了沉重的负担；加之陕西多地接连发生灾荒，导致民众生活异常艰难。在这样的背景下，渭南、富平等地的“刀客”