与当地回民联合起来，掀起了反抗官府的斗争。
林则徐接任陕西巡抚后，首先向朝廷上书，指出陕西地理位置特殊，容易成为不法分子的藏身之地，并表示决心将“除暴安良”作为首要任务。林则徐针对刀客活动，采取了一系列措施。他首先对地方官吏进行教育，增强他们打击犯罪的信心，然后亲自督办“马得讽纠众夺犯伤差案”。在这一案件中，林则徐不仅将首犯马得讽判处死刑，还对其他参与者进行了严厉处罚，以震慑潜在的犯罪分子。到年底，林则徐在关中东部门县以及陕北安塞等地，共缉获了一百四十六人，并对其中四十六人进行了严厉惩处。道光帝对此表示赞赏，朱批称赞林则徐“所办甚好”。
在镇压刀客之后，林则徐采取了一系列赈灾措施。他将西安府等地的一百多万石粮食向贫民平价出售，并对无力购粮的极贫户与老弱病残者进行官方收养。他还鼓励绅商富户出资出粮救济贫困人群，并命令地方官员与富户购买、质押耕牛，以确保春耕顺利进行。林则徐还向朝廷呈递《被旱各属分别缓征折》《咸宁等十二州县应征粮石展限奏销折》，请求朝廷缓征钱粮。为了从根本上解决灾荒问题，林则徐还筹划兴修关中水利，并命令陕西督粮道张集馨研究《关中胜迹图志》，提出具体的水利工程方案。但由于费用巨大，这一计划未能实现。
通过上述措施，林则徐有效地稳定了陕西的局势。道光二十七年（1847年）三月，林则徐被任命为云贵总督。次年（1848年），他采取了“但分良莠、不分汉回”的方针，赴大理镇压保山汉族地主武装打劫京控要犯、屠杀回民的抗官暴乱，并制止了回汉之间的冲突。同年七月，由于林则徐在维护云南边境安定、镇压反抗方面表现出色，他被加授为太子太保，并赏戴花翎。
在云南任职期间，林则徐还提出了整顿云南矿政的主张，鼓励私人开采，并提倡商办，以促进经济发展。
九、病重逝世
道光二十九年（1849年）二月，林则徐奉命审议有关云南开矿的问题。四月，林则徐派遣军队镇压腾越地区的彝民暴动。然而，此时林则徐的身体状况已经每况愈下。五月，他的旧疾复发，不得不请假调养。六月，林则徐的病情加重，他上奏请求辞去职务，以便回家调养。