在得到批准后，林则徐卸任回乡。
在返回福州的途中，林则徐途经长沙时，邀请了左宗棠在湘江舟上会面。两人畅谈时局，林则徐仍然挂念着新疆的屯田水利问题，表达了未能完成心愿的遗憾，并阐述了自己的防塞思想。十二月，林则徐抵达南昌，在此养病度过新年。
道光三十年（1850年）三月，林则徐回到了故乡侯官。五月，英国人强行进入福州乌石山神光寺居住，林则徐联合福州的士绅和民众，共同策划驱逐行动，并亲自乘舟前往五虎门、闽安海口视察形势。然而，林则徐的病情并未好转，六月，洪秀全领导的拜上帝会在金田发动起义，咸丰帝命林则徐迅速来京，听候简用，但林则徐因病重无法赴京，只好推辞。
九月，清廷再次任命林则徐为钦差大臣，紧急前往广西镇压拜上帝会起义。此时，林则徐的病情已经相当严重，但他仍然抱着为国分忧的决心，于十月初二日（11月5日）从侯官起程前往广西。由于疾病缠身，林则徐不得不躺在特制的卧轿中，由福建、广东山区一路前行。
在到达潮州时，林则徐的病情突然恶化，出现了严重的腹泻症状。当他抵达普宁行馆时，已经病入膏肓，不得不停下来休息。道光三十年十月十九日（1850年11月22日）辰时，林则徐在儿子林聪彝及幕僚刘存仁的陪伴下，指天三呼“星斗南”，随后与世长辞，享年六十六岁。
林则徐去世的消息尚未传至京城，清廷于十月二十四日（11月27日）仍命他暂署广西巡抚。林则徐去世后，清廷追赠他为太子太傅，并按照总督的规格赐予抚恤金，赐谥号“文忠”
结语
林则徐的一生是中国近代史上一段波澜壮阔的历史画卷，他不仅是抵抗外来侵略的民族英雄，更是倡导开放与进步的思想者。在他身上，我们看到了一位爱国者如何在时代的洪流中坚持自己的信念，并为此不懈努力的身影。