度评价，进一步巩固了他在朝廷中的地位。
然而，随着太平军势力的不断壮大，尤其是1853年太平军攻占江宁（今南京）后，局势变得愈发紧张。吴文镕被调往湖广总督职位，负责抗击太平军的进一步扩张。湖广地区是连接南北的重要战略要地，吴文镕深知自己的任务艰巨而重要。
在吴文镕就任湖广总督之际，太平军已经取得了连续的胜利，并开始向湖北推进。吴文镕面对的是一场生死攸关的战斗。他深知，如果湖广失守，将会对清朝造成巨大的打击。因此，他迅速调整兵力，加强防御，并积极筹备抵抗太平军的入侵。
在与太平军的对抗中，吴文镕与当时的湖北巡抚崇纶之间产生了严重的分歧。崇纶主张采取保守策略，甚至提出撤退以保存实力的想法。然而，吴文镕认为，作为一方总督，必须坚守阵地，以示决心，并鼓舞士气。他认为，一旦撤退，将会动摇军心，失去民心，从而导致更加被动的局面。
在吴文镕的坚持下，他与崇纶之间的矛盾日益加深。但吴文镕并没有因此放弃，反而更加坚定地执行自己的计划。他亲自督战，鼓励士兵们坚守阵地，并制定了详细的防御计划。吴文镕的坚定立场，激励了将士们的斗志，使得守城的士气得以维持。
然而，在1854年的黄州战役中，局势突然恶化。太平军发起猛烈攻击，吴文镕指挥下的部队一度顽强抵抗。但是，在战斗中，吴文镕所在的军营不慎发生火灾，火势迅速蔓延，导致军营混乱。在这样的紧急情况下，吴文镕意识到，如果继续留在战场上，不仅无法扭转局势，还会让更多的士兵白白牺牲。
在这一刻，吴文镕做出了一个悲壮的决定——投水自尽。他不愿看到更多无辜的生命因自己的存在而受到牵连，也不愿成为太平军的俘虏。吴文镕以身殉职，用生命扞卫了自己的信仰和职责。
吴文镕死后，曾国藩向朝廷报告了他英勇抗敌的事实，并揭露了崇纶的诬告。咸丰帝得知真相后，下令逮捕崇纶，并为吴文镕恢复名誉。吴文镕因其忠诚和勇敢的事迹，被追赠为骑都尉兼云骑尉，并被允许进入昭忠祠接受祭祀。这段历史不仅展示了吴文镕个人的高尚品德，也反映了那个时代对于忠诚与牺牲的价值观。