历八月初三日，1856年9月1日）深夜，陈承镕打开城门迎接韦昌辉。韦昌辉接到洪秀全的诏书后，在次日凌晨攻打东王府。
据记载，韦昌辉先派人传唤杨秀清到天王府议事，但杨秀清拒绝前去，并杀掉了韦昌辉的使者。随后，杨秀清派东殿尚书傅学贤在汉西门大街严阵以待。然而，韦昌辉已经从后街攻入东王府。杨秀清登上望楼擂鼓示警，但最终被韦昌辉的部下许宗扬发现并抓获。杨秀清请求韦昌辉不要杀他，但韦昌辉表示，如果不杀杨秀清，自己就会死。于是，韦昌辉的手下砍死了杨秀清，同时遇难的还有杨秀清的二十七名“亲丁”、五十四名“王娘”以及一名有孕侍女。傅学贤率领东王府的部众与韦昌辉交战，但很快就被全部消灭。
杨秀清遇害后的当天早晨，洪秀全即下诏贬杨秀清为“东孽”，并向军民宣布他“窃据神器，妄称万岁，已遭天殛”。这一事件即历史上着名的“天京事变”。
事后，洪秀全诛杀了韦昌辉，并恢复了杨秀清生前的部分封号。随着时间的推移，洪秀全不断为杨秀清加封，直到太平天国辛酉十一年（1861年，清咸丰十一年），杨秀清被追封为“天父天兄天王太平天国传天父上主真神真圣旨圣神上帝之风雷劝慰师后师左辅正军师顶天扶朝纲东王”。
结语
杨秀清的一生充满了传奇色彩，他从一个贫困的烧炭工成长为太平天国的实际掌控者，期间展现出了卓越的政治和军事才能。然而，权力斗争的复杂性最终导致了他的悲剧性结局，这也成为了中国近代史上的一个重要转折点。