94年，中日甲午战争爆发，清军在战场上屡遭败绩，清朝的统治危机四伏。在这种情况下，慈禧太后决定重新启用奕，希望借助他的声望来调和各种矛盾，并打击帝党势力。八月，奕被任命为“在内廷行走，管理各国事务衙门，并添派总理海军事务，会同办理军务”。随后，光绪帝发布谕旨，成立督办军务处，并任命奕为督办军务，所有各路统兵大员均归其节制。同时，奕也被恢复了军机大臣的职务。
然而，此时的奕已经年老多病，多年的失势使得他对政务有所隔膜，锐气也大大减弱。他重新上台后，只敢顺着慈禧太后的意旨办事，不敢有丝毫出格。1895年春，清廷派遣李鸿章前往日本马关进行谈判。四月初三日，李鸿章电告清廷关于和约的十条内容，奕表示赞成，并力主不能再言战。四月十七日，李鸿章在日本签署了《马关条约》。五月初二日，奕与庆亲王奕匡等人请求尚在迟疑的光绪帝批准条约，并派伍廷芳等赴烟台换约。不久，“三国干涉还辽”事件发生，军机大臣翁同龢等人主张延期换约，但奕以“不换约则兵端立至”为由，坚持支持换约。
尽管奕在晚年的政治生涯中表现得较为保守，但他仍然提出了一些改革措施。例如，在戊戌维新变法期间，奕提出了兴办学堂、修筑铁路、振兴工商、改革武科考制等主张。然而，这些主张基本上是洋务运动的老调重弹，并未触及根本性的制度变革。实际上，奕对康有为、梁启超等维新派提出的君主立宪等变法主张持抵制态度。他利用自己的身份对光绪帝时加牵制，并与主张变法的帝师翁同龢严重对立。
早在1896年初，翁同龢接受康有为的建议，令其僚属陈炽起草了十二道新政诏书，拟请光绪帝陆续颁行。翁同龢将这些新政诏书商之于奕，试图争取他的支持，但遭到奕的坚决反对。奕还奏请慈禧太后撤掉汉书房，将翁同龢赶出毓庆宫，使他失去了与光绪帝单独交流的机会。此后，奕与翁同龢之间的关系愈发紧张，对翁同龢的政治主张和赞助康、梁变法的行动很不以为然，常常从中作梗，阻挠变法进程。奕指责翁同龢揽权、狂悖，对他进行裁抑和刁难，阻止他对维新变法的帮助和支持。
1898年初，奕再度被授为宗人府宗令。同年，沙俄强占旅顺和大连，光绪帝召见王公大臣，极