被提升为同知，并获赐顶戴花翎作为嘉奖。随后不久，他又进一步晋升至知府级别，并加授道员衔。同年八月，曾国荃发起了针对吉安城的一次大规模攻势，通过水陆两路同时进攻的方式，迫使守城的太平军不得不放弃阵地撤离。随着吉安的收复，太平军在江西境内的主要据点几乎全部丢失，这对整个反叛力量构成了沉重打击。
然而，就在曾国荃取得一系列辉煌战绩的同时，湘军内部却遭受了一次重大挫折——三河镇之战中，包括李续宾在内的多位将领及其所率领的大批士兵被太平军彻底消灭，其中还包括曾国荃的兄长曾国华。这场惨败给曾国藩带来了极大的悲痛，也促使曾国荃暂时离开了前线，将从战场上获得的部分财物运回家乡。直到1859年四月，他才带着新招募的士兵回到了曾国藩位于抚州的大本营。此时，“吉字营”虽然保留了部分老战士，但主体已经变成了全新的队伍。更重要的是，该部队自此完全脱离了湖南巡抚的直接控制，成为曾国藩个人麾下的核心力量之一。
四、围观安庆
咸丰九年（1859年）下半年，随着太平天国运动的持续蔓延，安庆作为战略要地的重要性日益凸显。当时，湖北巡抚胡林翼与曾国藩共同策划了一场针对安庆的大规模军事行动，旨在夺回这座被太平军占领的重要城市。根据计划，由曾国藩指挥的湘军将从宿松、石牌方向向安庆推进，但这一行动很快遇到了挑战：太平天国英王陈玉成率领一支庞大的援军前来救援太湖地区，使得集中兵力对付这支援军成为了湘军的首要任务。
在选择前线统一指挥官时，胡林翼倾向于其麾下的满族将领多隆阿，然而考虑到曾氏兄弟可能对此有异议，胡林翼不得不与他们进行多次商议。尽管曾国荃和多隆阿之间存在一定的矛盾，但在大局为重的前提下，曾国荃最终表示愿意服从多隆阿的指挥，并称赞其“忠勇绝伦”，展现了团结一致的决心。这一表态得到了胡林翼的高度赞赏，随后他正式上奏请求任命多隆阿为总指挥。不过，曾国荃和他的哥哥们始终将目光放在夺取安庆城本身上，希望获得这场战役的关键胜利。
到了咸丰十年（1860年）四月，曾国荃亲自率军移师至安庆集贤关，准备直接参与对城市的围攻。与此同时，其他部队则负责抵御来