籍安葬。然而，在居丧期间，鄂军精锐部队在三河镇之战中遭遇惨败，李续宾阵亡，所部几乎全军覆没。很多人认为这次失败是由于缺少胡林翼的指挥所致，于是纷纷上书请求朝廷起用胡林翼。得知消息后的胡林翼悲痛欲绝，呕血不止。但他没有等待正式诏命下达，便立即启程返回岗位，着手恢复军队士气并重建防线。到了1859年春天，布防于江皖一带的鄂军水陆马步已达五万余人，实力甚至超过了三河之战前。
面对此次失利，胡林翼进行了深刻的反省，总结出“兵分力单”和“轩进攻坚”是导致失败的主要原因，也是过去多次战役中的通病。他认为当前缺乏具有智略的将领，于是开始专注于兵法研究，编写了《读史兵略》一书，该书汇集了《左传》《资治通鉴》等历史文献中的军事内容，旨在为将领们提供学习材料，提高整体军事素养。
咸丰九年（1859年）春夏之际，太平天国石达开部开始西进，经湖南向四川方向移动。胡林翼意识到这可能对湖北乃至整个西南地区的安全构成威胁，因此他迅速派遣军队前往湖南支援，并且担忧四川一旦失守，将失去重要的上游地理优势。为了加强防御并为曾国藩争取更多权力，胡林翼通过官文向朝廷提议让曾国藩入川督军并兼任四川总督。然而，清廷仅同意曾国藩督军，而不愿授予其总督之职。曾国藩本人也不愿意远赴四川，在中途滞留湖北，与胡林翼商讨联合进攻安徽的计划。最终，在胡林翼的推动下，清廷批准了这一计划。
同年秋冬，胡林翼与曾国藩联手大举进攻安徽。胡林翼不仅负责调度各路军队，还亲自率领一支队伍从英山、霍山出发攻取舒城。面对太平军骁将陈玉成和十余万捻军的顽强抵抗，战事异常激烈。在此过程中，胡林翼坚持统一指挥的重要性，不顾曾国藩的反对，力主由满族将领多隆阿担任前线统帅，以确保各部队协同作战。
咸丰十年（1860年）初，湘军成功攻克太湖和潜山，随后江南大营被太平军摧毁。四月，曾国荃部包围安庆，而曾国藩则被任命为两江总督，并很快得到了实授及钦差大臣的身份。此时，清廷不断催促曾国藩东进夺取苏州、常州等地，但曾国藩更专注于巩固在安徽的战果，不愿急于向东推进。为此，他提出了一个“三路进兵”的方案来应对朝廷