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光绪十六年三月初六日(1890年4月24日),彭玉麟在衡州湘江东岸的退省庵逝世,享年七十五岁。据记载,临终前他身边只有几位老兵陪伴。彭玉麟一生忠诚于职守,无论是在前线指挥作战还是在后方筹划防务,都表现出了非凡的能力和坚定的决心。他的去世对于当时正处于变革时期的清朝来说是一个巨大的损失。
得知彭玉麟去世的消息后,光绪帝深感悲痛,并颁布诏书表彰其功绩,追赠太子太保衔,并按照尚书的标准给予抚恤金,同时赐予“刚直”的谥号。此外,还下令在彭玉麟的原籍及其立功省份为其建立专祠,并将其生平事迹载入国史馆。彭玉麟的孙子彭见绅也被擢升为郎中,其他家族成员如彭见绶、彭见粹等也得到了吏部的特别引见。同年十一月,彭玉麟被安葬于衡阳章木寺附近,结束了这位杰出将领光辉而充满奉献精神的一生。