拒绝了这些荣誉及物质奖励，选择前往耒阳朋友经营的一家当铺工作，担任管账先生。这显示了他淡泊名利的一面，以及对个人志向追求的坚定态度。
咸丰二年（1852年）春天，彭玉麟获得了博士弟子员的身份，继续替人管理质库，居住在耒阳南关外。同年，太平天国运动期间，太平军进攻长沙并向耒阳逼近。面对威胁，彭玉麟果断地变卖了自己的所有财产，用所得资金帮助当地县令招募士兵进行防御准备。由于耒阳已经做好充分准备，太平军最终放弃了对该城的攻击。事后，彭玉麟并没有要求官方给予任何表彰或补偿，仅仅请求归还之前借出的资金用于抵抗。这一行为让他的名声更加显赫，成为了人们口中的佳话。
同年七月，彭玉麟返回衡阳老家。八月间，其母王氏不幸去世，这对彭玉麟来说无疑是一个沉重打击。就在这一年里，湘军的主要创建者之一曾国藩得知了彭玉麟的事迹后，对其十分钦佩，极力邀请彭加入自己正在组建的新式军队——湘军。经过考虑之后，彭玉麟同意了曾国藩的邀请，并与之合作共同创立了湘军水师。他们不仅采购了先进的洋炮装备，还着手建造大型战船，并制定了详细的训练制度和作战章程
三、湘水扬波
咸丰四年（1854年），湘军在衡州的船厂竣工，标志着其水师力量初步成型。此时，湘军拥有五千名湘勇，并被编为十个营，其中湘潭驻有四营，由褚汝航、夏銮等人领导；而衡州则驻扎了六营，以彭玉麟、杨岳斌等人为首。在这支新成立的水师中，除了彭玉麟之外，其余各营多由武官统领，但他们在奏报事务时都需依赖彭玉麟，因此彭玉麟实际上成为了水师的核心领导人，并且对初期制度建设贡献良多。
同年，曾国藩发布了《讨粤匪檄》，号召并组织湘军北上对抗太平天国。这支军队包括了一万七千余人的水陆两军，从衡州出发。然而，太平军石祥祯部却在此期间击败了曾国藩所率湘军，并重新占领岳州，迫使湘军水师撤回长沙。与此同时，太平军林绍璋部攻占湘潭，威胁到了长沙的安全。面对如此严峻的局面，曾国藩召集诸位将领商议对策，最终决定采纳彭玉麟的建议，即集中兵力攻打湘潭。
按照彭玉麟的战略部署，曾国藩派遣褚汝航率领五营水师前往湘潭