领舰队抵达仁川，发现日本海军已经先行到达。
丁汝昌采取了稳重的策略，决定首先控制引发事变的关键人物——朝鲜大院君李昰应。于是，他乘坐“威远”舰返回天津请求增派兵力。得到批准后，丁汝昌率领“威远”、“日新”、“泰安”、“拱北”等船只，运载淮军吴长庆部两千余人前往朝鲜。经过一番策划，丁汝昌与吴长庆、马建忠等人成功擒获了朝鲜大院君，并将其押送至天津软禁，从而挫败了日本干涉朝鲜的企图。
这一系列行动展现了丁汝昌的军事才能和外交智慧，也为他在国际上赢得了一定声誉。李鸿章在奏折中高度赞扬了丁汝昌的功绩，并建议朝廷予以嘉奖。光绪帝听闻此事后，特赏丁汝昌穿黄马褂，这是对其卓越贡献的高度认可。
光绪十一年（1885年），中国在德国订购的“定远”号、“镇远”号、“济远”号战列舰回国，丁汝昌与津海关道周馥共同前往验收，并举行了隆重的升旗仪式，标志着中国海军力量进一步增强。
光绪十二年（1886年），丁汝昌再次率领北洋水师主力前往朝鲜进行操练，并巡查海域。其间，他还奉命前往海参崴接应勘定吉林东部中朝边界的官员吴大澄等人，并将舰队带到日本长崎进行维修保养。然而，正是在这次停留期间，发生了中国水兵与日本民众的冲突事件，即所谓的“长崎事件”。丁汝昌冷静处理了这场危机，避免了两国间的军事冲突，并最终通过外交手段解决了争端。
五、统领海军
光绪十三年（1887年），清政府启动了一项旨在选拔优秀将领的人才选拔计划，命令各地督抚推荐具备将才的人选，以备任用。同年七月二十日，李鸿章向朝廷提交了一份《保举将才折》，在其中列举了多位他认为具有杰出才能的将领，丁汝昌的名字赫然在列。
光绪十四年（1888年），清政府正式确立了北洋海军的组织架构，并在威海选址建立了水师公所。同年九月九日，总理海军事务大臣醇亲王奕譞上奏，请求颁布《北洋海军章程》，标志着北洋海军正式成立。九月十三日，海军衙门根据李鸿章的提名，奏准任命丁汝昌为北洋水师提督，并不久后赏加尚书衔。这一任命意味着丁汝昌将成为北洋海军的实际领导者，肩负起建设和发展中国