“关厘分途，以厘济饷”的政策，即通过关税支付常胜军、中外合防局及镇江防军的军需开支，而通过厘金（商业税）来支持淮军。随着军事进展和湘淮军力的壮大，厘卡也层层增设，确保了军饷来源。不过，这种“征粮收税”“捐厘助饷”的做法，虽然解决了军费问题，但也导致了“怨黩繁兴”“民穷财尽”的社会问题。
在对外关系处理上，李鸿章展示了出色的外交手腕。例如，苏州杀降事件引发戈登常胜军闹事时，李鸿章利用英国人赫德和士绅潘曾玮作为说客，巧妙平息了事态，并最终解散了常胜军。
四、平定天国
同治元年（1862年）十一月，随着常熟太平军守将骆国忠的投降，李鸿章抓住机会率领淮军发起了收复苏州、常州的战役。在与前来平叛的太平军反复激战后，淮军最终攻克了常熟、太仓、昆山等地。初步扫清苏州外围后，李鸿章制定了三路进军的计划：中路由程学启统率，从昆山直驱苏州；北路由李鹤章、郭松林、刘铭传从常熟进攻江阴、无锡；南路则进攻吴江和平望，切断浙江太平军增援苏州的道路。
同治二年（1863年）正月，李鸿章兼任五口通商大臣，并在上海设立外国语言文学学馆，开启了他创办洋务的序幕。同年七月，程学启部逼近苏州城下，太平天国忠王李秀成率军从天京前来救援，与北路淮军在无锡大桥角展开激战，太平军失利。此时，苏州太平军守将郜永宽等人开始动摇，并与程学启部秘密接触，商讨献城事宜。
同年十一月初五，郜永宽等人杀害了守城主将谭绍光，打开城门投降。淮军入城后，太平军八降王率部屯居半城，不愿剃发解除武装，反而要求获得官衔及编制。李鸿章采纳了程学启的建议，诱杀了降将郜永宽等八人，并遣散了其余部队。程学启入城后还搜杀了两千余名顽固分子。尽管此举引起了戈登的不满，但李鸿章认为这是消除内部隐患的必要之举，他在给母亲的信中写道：“尽杀云官等八伪王及其党数百人，此事虽太不仁，然攸关大局，不得不为。”曾国藩得知后，在日记中称赞李鸿章“殊为眼明手辣”。
苏州城破后，李鸿章被赏加太子少保衔，并获准穿黄马褂。与此同时，北路的李鹤章、郭松林、刘铭传攻克了无锡和金匮，程学启与道员吴毓芬