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光绪十年（1884年），甲申政潮爆发，翁同龢虽被革职留任，退出了军机处，但仍然担任光绪帝的师傅，并在慈禧太后的五十寿辰后恢复了原来的官职。次年，他被调任户部尚书，这个职位他一直担任到退出政坛为止。在此期间，翁同龢不仅负责财政事务，还经常向光绪帝提供政治建议，并试图在宫廷内部寻求平衡，以维护朝廷稳定。
四、甲午主战
光绪二十年（1894年），翁同龢作为户部尚书，面临着前所未有的挑战。这一年，恰逢慈禧太后六十大寿，筹备庆典的任务落在了他的肩上。然而，清朝财政已经捉襟见肘，翁同龢不得不面对内务府频繁索款的压力。他感到十分为难，甚至产生了辞职的想法，但考虑到对光绪帝的忠诚与责任，最终选择了继续留任。
同年春天，朝鲜爆发了东学党起义，朝鲜政府请求中国出兵援助。日本趁机也派遣军队进入朝鲜，使得朝鲜半岛的局势变得异常紧张。六月十三日，总理各国事务大臣奕匡建议光绪帝召集资深大臣商讨对策，翁同龢被选为其中之一，与李鸿章及其他军机处和总理衙门的大臣一起会商朝鲜问题。
在朝鲜问题上，翁同龢主张强硬立场，认为应该尽快筹备战争，以应对日本的军事威胁。他建议调动东北和旅顺的兵力前往朝鲜，对抗日本军队。六月二十日，李鸿章请求俄国驻华公使喀希尼从中调停，翁同龢则代拟电旨，指示李鸿章不应完全依赖俄国。他还推荐了刘永福、杨岐珍前往台湾戍守，并要求袁世凯前来京城报告朝鲜情况，这些提议均得到了光绪帝的认可。
随着局势的发展，中日正式宣战。然而，清军在平壤之战中遭受惨败。翁同龢在军机会议上与李鸿藻激烈争论，指责李鸿章在处理朝鲜问题上的失误，并请求光绪帝对其进行处罚。光绪帝最终听取了翁同龢的意见，剥夺了李鸿章的部分荣誉。
在后续的外交与军事行动中，翁同龢继续坚持强硬立场。他主张加强前线作战力量，并提出向湖南巡抚吴大澄征召湘军赴前线作战，同时建议重新启用恭亲王奕欣。慈禧太后同意了他的建议，并单独召见他，命令他前往天津传达旨意，要求李鸿章与俄国继续协商。翁同龢在天津严厉批评了李鸿章的失误，并传达了慈禧太后的旨意。