不幸去世，这标志着他的统治戛然而止。
同治帝的早逝，对于清朝而言是一个重大的打击。两宫太后迅速行动，召来了醇亲王奕譞的儿子载湉继承大统，成为新的皇帝。同时，赐予奕譞亲王世袭罔替的荣誉，并免除其在朝会上的行礼义务。随后，载湉被迎入皇宫，与慈安太后居住在钟粹宫，慈禧太后则居住在长春宫，两宫太后再度开始了垂帘听政。
为了表示对同治帝的哀悼，朝廷下令停止了三海工程，并宣布次年为光绪元年。同治帝被追封为“继天开运受中居正保大定功圣智诚孝信敏恭宽毅皇帝”，庙号穆宗。其皇后阿鲁特氏被追封为嘉顺皇后，而皇贵妃则被封为敦宜皇贵妃。