日，刘永福抵达广州，并于次日拜见张之洞。张之洞派孙鸿勋和陈文序管理黑旗军营务，并指导刘永福学习礼仪和历史知识。经过近一个月的考察，张之洞于光绪十二年（1886年）正月十九日上奏清廷，推荐刘永福担任总兵。慈禧太后接受奏请，将广东南澳镇总兵李扬升开缺，由刘永福补任该职。但因清廷指示暂缓赴任，刘永福暂时留在广州，并曾请假回博白祭祖，在宾州与家人团聚。
光绪十三年（1887年）夏，广东碣石地方发生民众与洋教徒的冲突，张之洞奏请让刘永福署理碣石镇总兵，以稳定局势。刘永福于八月初一日到任。不久后，清廷指示他入京觐见，并要求进一步削减福军的规模。八月二十三日，刘永福从广州出发，在广东水师提督方耀的陪同下，乘坐“海晏”号船前往天津，并于十月初二日抵达北京。初三日，刘永福进宫面见光绪皇帝，十四日觐见慈禧太后，并向光绪帝辞行。十八日，刘永福和方耀离开北京，继续在广东担任南澳镇总兵，并负责巡防闽粤海疆。
七、抗日保台
光绪二十年（1894年）六月下旬，随着日本入侵朝鲜，甲午中日战争爆发。在军机大臣翁同龢的推荐下，光绪帝命令两广总督李瀚章和闽浙总督谭钟麟督促刘永福带兵前往台湾，协助台湾巡抚邵友濂防备日军。刘永福的旧部经过多次裁撤，仅剩300人，他请求招募到3000人，恢复黑旗军的规模。然而，谭钟麟并未同意刘永福的请求，而是将临时招募的1000名潮勇改为刘永福部下，并配发武器和四个月的军饷，让他先行前往台湾。
刘永福接到命令后，先赶回广州燕塘旧居布置招募事宜，随后前往潮州，带领这1000名潮勇到汕头训练，准备渡海赴台。邵友濂对刘永福的态度颇为冷淡，请求将其调至台南而非台北，清廷批准后，刘永福于八月初五日率领潮勇抵达台南。随着清军在平壤战败，战火蔓延至中国境内，北洋水师在黄海海战中遭受重创，清廷一度考虑将刘永福调往辽东抵御日军，甚至设想让他直捣日本本土的长崎等地。但随着日军军舰出现在澎湖海域，邵友濂改变了主意，挽留刘永福，并请求将其留在台湾。
九月十二日，清廷命令刘永福留在台湾。刘永福视察了基隆、沪尾和澎湖的防务，并于九月二十三