国运动的过程中，冯子材表现出了非凡的军事才能。咸丰三年（1853年），他在南京城外孝陵卫地区参与拱卫江南大营的战斗，对抗太平军。随着战争的持续，冯子材逐渐成为了清军的重要将领。到了咸丰六年（1856年），当江南大营被太平军摧毁时，冯子材被迫逃往丹阳。在那里，他加入了张国梁的军队，并参与了对太平军的反击行动。在这段时间里，冯子材不仅协助攻克了镇江、丹阳，而且还赢得了张国梁的高度赞扬，称其勇猛过人。凭借这些战绩，冯子材的军衔也不断上升，最终晋升为副将。
然而，战争并非总是顺利。咸丰八年（1858年），冯子材奉命渡江支援江北大营时，遭遇了重大挫折，他所率领的五千兵马几乎全军覆没，只有一小部分人得以逃脱。这次失败虽然给冯子材带来了打击，但他并没有气馁，而是继续为清军效力。
咸丰十年（1860年），当太平军再次攻破江南大营时，冯子材再次经历了激烈的战斗。在这次战斗中，张国梁在丹阳南门外不幸溺亡，冯子材则负责收拢残余部队，撤退至镇江固守。随后，他率兵攻克了溧水，再次证明了自己的能力，并因此被升为总兵。
同治元年（1862年），冯子材被派遣镇守镇江。面对江北清军将领们私自设立关卡收税的情况，冯子材提出了批评，并建议由文官来管理税务。他的正直和责任感赢得了曾国藩的信任和支持。尽管他的部队人数众多，但粮饷常常不足，冯子材却从未有过抱怨，依旧坚持在前线作战。在镇江的六年时间里，他不仅成功抵御了太平军上百次的进攻，而且治理有序，深受百姓爱戴。
最终，在同治三年（1864年），随着太平天国的覆灭，冯子材因其卓越的贡献被清廷授予了广西提督的职位，并获得了黄马褂和骑都尉世职的荣誉，成为了清廷倚重的重要将领。
三、出关靖边
冯子材在镇压国内起义后，很快便被委以重任，肩负起了维护边疆稳定的历史使命。同治四年（1865年），他首先被派遣到广东罗定、信宜地区，负责清除当地的反清武装。在短短两个月内，他就完成了任务，并随即转向黔苗地区的农民起义进行镇压。在这一系列的军事行动中，冯子材展现了他卓越的军事才能和坚定的决心，他不仅