了进一步提升，清廷加授他尚书衔。同年，中日甲午战争爆发，冯子材再次被征召，负责召集旧部驻守镇江，随时准备应对战局变化。随着《马关条约》的签订，中日战争告一段落，冯子材也随之撤离江南。
光绪二十二年（1896年），中英两国围绕片马地区的边界争议日益加剧，冯子材被任命为云南提督，前往该地处理边境事务，稳定了当地的局势。这段时间，冯子材不仅需要处理军事上的事务，还要兼顾地方治理，确保云南地区的安宁。
到了光绪二十六年（1900年），冯子材正在为加强省内的防务做准备，此时正值义和团运动爆发，北方局势动荡不安。冯子材上书朝廷，表示愿意率部入京勤王，但清廷考虑到实际情况，并未批准他的请求，只是对其忠勇之举给予了高度评价。
光绪二十七年（1901年），冯子材再次被调动，这次他被任命为贵州提督。然而，年迈的冯子材健康状况每况愈下，终于在光绪二十八年（1902年），因身体原因被免去了职务。
就在冯子材即将退出历史舞台之际，光绪二十九年（1903年），广西钦廉一带的会党活动频繁，两广总督岑春煊请冯子材出山管理团防。冯子材虽已年届八旬，但仍怀揣报国之心，立即着手招募并训练军队，准备再次为国效力。然而，正当他与两个儿子准备踏上战场之时，却突然病重，不久便离开了人世，享年八十六岁。