天皇派使者到达伏见城，正式任命德川家康为征夷大将军、右大臣，并授予他源氏长者和淳和、奖学两院别当之职。同年，德川家康在江户开设幕府，即江户幕府（也称为德川幕府），开始了德川家族长达260多年的统治。同年，他还通过将孙女千姬嫁给丰臣秀赖，表示了对丰臣家族的友好姿态。
庆长十年（1605年），德川家康将将军职位让给了三子德川秀忠，自己则被称为“大御所”。表面上，德川家康退居到骏府城隐居，但实际上他仍然掌握着实权，并在冈本大八事件和大久保长安事件中发挥主导作用。庆长十七年（1612年），德川家康颁布了禁教令，并从1615年开始对朱印船贸易实施限制。
庆长十九年（1614年），德川家康利用方广寺钟铭事件作为借口，试图迫使丰臣秀赖完全臣服。钟铭事件中，德川家康声称钟铭内文含有不利于德川家的文字，借此向丰臣秀赖施压。然而，丰臣秀赖一方采取了备战姿态，积极招募浪人，增强军备。尽管如此，没有大名加入丰臣秀赖的阵营（除了阿波的蜂须贺家政，但最终被家督劝说放弃举兵）。德川家康因此下令大名准备攻击大坂城。
同年十一月十五日，德川军开始攻击大坂城，步步紧逼，迫使丰臣军撤回城内。十二月四日，前田军和松平军擅自攻击真田丸，遭到真田幸村的猛烈抵抗，最终大败。德川家康最终利用大炮直接攻击大坂城，迫使淀殿提出交涉。双方达成协议，德川家康看似宽大地答应了丰臣方面的条件，即不处分秀赖等参战诸将，也不要求秀赖和淀殿前往江户做人质，但条件是拆除大坂城除了本丸之外的所有外城。战事暂告一段落，称为大坂冬之阵。
元和元年（1615年），德川家康在大坂城的防御工事被拆除后，再次出兵。丰臣军虽奋力抵抗，但失去外城的大坂城难以抵挡德川军的攻势。在冈山·天王寺之战中，德川家康一度陷入危机，真田信繁（即真田幸村）击溃了松平忠直带领的一万五千越后兵，并逼近德川家康的本阵，导致德川家康的部队大崩溃。这是德川家康一生中最狼狈的一次，除了三方原之战外，他甚至做好了切腹的准备。最终，在其他将领的救援下，德川家康勉强逃脱。同时，德川秀忠在冈山战斗中也遭遇困境，但最终在德川军的兵力优势