天正十二年（1584年），织田信雄与羽柴秀吉决裂，德川家康与织田信雄维持同盟关系，以保护织田信长之子的名义对抗羽柴秀吉。同年，羽柴秀吉出兵，两军在尾张国的小牧和长久手交战，史称小牧·长久手之战。在这场战役中，羽柴秀吉率领十二万大军对阵德川家康和织田信雄联军的约三万人。尽管羽柴秀吉的军队人数占据优势，但由于德川家康识破了羽柴秀吉的突袭计划，导致羽柴军的池田恒兴、森长可、池田元助等将领阵亡。
战况对德川家康有利，但羽柴秀吉不愿意继续作战而选择退兵，转而攻打织田信雄控制的伊势国。织田信雄最终向羽柴秀吉投降，这使得德川家康失去了继续与羽柴秀吉对抗的理由。在这种情况下，德川家康向羽柴秀吉提出讲和，并将年仅十二岁的次子德川秀康送往大阪城作为人质，但仍保持与羽柴秀吉的不敌不臣关系。
与此同时，羽柴秀吉继续扩大自己的势力范围，他在越中迫使佐佐成政投降，并平定了纪伊国的杂贺众，在四国征伐中取得胜利。同年，羽柴秀吉就任关白，并改名为丰臣秀吉。德川家康方面，则派遣大久保忠世及鸟居元忠攻打上田城，却被真田昌幸击败。此外，德川家康的重要家臣石川数正也突然投奔了丰臣秀吉。面对这一系列不利情况，丰臣秀吉试图诱使德川家康成为其家臣。
丰臣秀吉首先将他的妹妹朝日姬嫁给德川家康，但德川家康并未因此表示臣服。然而，当丰臣秀吉将自己的母亲大政所送到冈崎城作为人质时，德川家康感受到了丰臣秀吉议和的诚意。因此，德川家康决定臣属丰臣秀吉，并于同年十月二十六日到达大阪城，二十七日正式从属丰臣秀吉。在丰臣秀吉的阵营中，德川家康得到了应有的礼遇。
随后，德川家康将居城从浜松城迁至骏河的今川馆，并将其改名为骏府城。在丰臣秀吉征伐九州时，德川家康未被征调，避免了一次巨大的消耗。天正十七年（1589年），后北条氏拒绝臣服丰臣家，丰臣秀吉下令全日本的大名讨伐北条。德川家康在支援战线上表现出色，最终北条氏在小田原城被包围一段时间后投降。丰臣秀吉借此统一了日本。
战后，德川家康被转封至关东，领有相模国、伊豆国、武藏国、上野国大部、下野国小部、下总国、上总国等地