倍，但其主力步兵毫无斗志，最终惨败。德川庆喜逃回江户，近畿以西的各藩立即向新政府宣誓效忠。1月7日，新政府以天皇名义发表诏书，东征讨伐幕府。新政府军沿东海道向江户进军，对江户采取了包围形势。各国声明在天皇政府和将军政府的内战期间保持中立。
在幕府内部，关于是否抵抗新政府军出现了主战和主和两派。主战派以小粟忠顺、榎本武扬、大鸟圭介为代表，主张接受法国援助，同讨幕军一决死战。主和派则以胜海舟、大久保忠宽为代表。主和派指出，幕府陆军已陷入土崩瓦解，江户市民深深痛恨幕府，关东一带人民起义频繁，德川庆喜最终放弃了抵抗企图。
另一方面，新政府及左右新政府的英国公使同样担心人民的起义。在这种复杂的局势下，胜海舟被委以重任。1月23日，他被任命为德川家之家职陆军总裁（相当于陆军部长），2月25日又被全权委任为军事总裁（相当于幕府全军最高统帅）、旧幕府方面的全权代表。
庆应4年3月9日，胜海舟派山冈铁舟去骏府城会见讨幕军参谋西乡隆盛，商定七项和解条件。然而，讨幕军庆应4年3月15日（1868年4月7日）总攻江户的预定日期未变，大军继续向江户逼近。在总攻日前的3月13日至14日，胜海舟与西乡隆盛会谈。胜海舟鉴于当时的形势，一面进行谈判，一面准备谈判破裂后的应对方案。他的作战方略参考了库图佐夫在俄法1812年战争中阻击拿破仑入侵所采用的战术，具体包括以下几点：
让将军庆喜亡命英国，以确保其安全。
在江户实行焦土战术，使进入江户的讨幕军无立足之地。
护送将军家眷和江户居民向房总疏散，确保平民的安全。
为了实施这一计划，江户消防官新门辰五郎准备了大量火药，计划在街市放火。同时，调集了江户周边地区的大小船只，为难民确保粮食供应。幕府舰队准备用军舰舰炮炮击东海道，切断新政府军的退路和粮道，并安排庆喜逃亡到驻扎在横滨港的英国舰队政治避难。
经过紧张的谈判，双方最终达成协议。以保全将军庆喜的性命和德川氏的家名为条件，江户城于1868年4月未经战斗便开城投降，让给了讨幕军。幕府领地完全落入新政府