杂诉决断所，分别处理赏赐问题和所领诉讼。这些机关的职员，除了在杂诉决断所半数左右为武士之外，大部分是公家。在记录所和恩赏方的武士只有楠木正成、名和长年等少数几人。尽管足利尊氏被赐予极高的官位，但他并没有处于政治中枢。相当于统辖武士和警备皇宫的武士所头人的地位被给予了新田义贞的一族。足利氏方面，仅有被官高师直、上杉宪房担任杂诉决断所的职员。
新政府在地方并设国司与守护，由对打倒幕府有功绩的公家和武士担任。足利尊氏成为武藏的国司守护兼上总的守护。北畠显家与足利尊氏被任命为武藏守的同日成为陆奥守，十月奉义良亲王（后村上天皇）陆奥下向，相当于奥羽两国的行政，负责牵制足利尊氏在关东的势力，与足利尊氏方对抗。十一月，足利直义也受到相模守的任命，十二月，奉成义亲王下向镰仓，成功将关东十国置于管辖之下，于是足利氏在关东的地位越发巩固。
后醍醐天皇在推行建武新政时出现诸多失误。在赏赐方面，他未能满足武士们的期望，导致武士对新政越来越失望。希望复兴武家政治的武士越来越多，而足利尊氏成为了这些武士的希望寄托所在。在这种形势下，公家与武家之间产生了激烈的对抗。足利尊氏与对足利尊氏抱有警戒心的护良亲王的对立表面化。护良亲王策划袭击足利尊氏，但因足利尊氏用强大的兵力守卫自身，护良亲王的计划未能成功。
建武元年（1334年）十月，足利尊氏对后醍醐天皇施加强大压力，迫使后醍醐天皇向足利尊氏屈服，下令捉拿护良亲王。
六、反叛朝廷
建武二年（1335年）七月，北条高时的遗子北条时行在关东举兵，对建武新政不满的近国武士们迅速聚集，形成了极大的势力。北条时行带领大军迫近镰仓，足利直义迎击，但战败，之后他杀死了幽闭中的护良亲王，并奉成良亲王西走。足利尊氏接报后，向朝廷请求让自己东下讨伐北条时行，并要求担任征夷大将军，管领东国，但未得到敕许。结果，成良亲王被任命为征夷大将军，足利尊氏仅被任命为征东将军。足利尊氏在没有得到朝廷准许的情况下，于八月二日离京，在三河国与足利直义的势力合流，击破各地叛军，陆续前进，十九日收复镰仓。此即中先代之乱。