八月三十日，后醍醐天皇遥授足利尊氏从二位。十月，后醍醐天皇派藏人头中院具光赴镰仓，催促足利尊氏返京。足利尊氏有意回京，但被足利直义阻止，于是他拒绝奉诏，并在源赖朝旧址开置府治，自署征夷将军东国管领，对诸将进行赏赐，笼络人心，甚至连北条氏的党羽也争相归附他。足利尊氏欲借后醍醐天皇之手除掉新田义贞，乃夺新田氏在东国的地邑，全部分配给部下。足利直义也秘密移书四方，招集兵士，而京都公卿也“屡奏尊氏反状”，后醍醐天皇只是派僧人惠镇到镰仓借宣旨之名打探情况而已。惠镇尚未成行，足利尊氏请讨新田义贞的上书就在十一月十八日传至京都，将新田义贞比作赵高，自比章邯，导致京都震动。后醍醐天皇这才确认足利尊氏要反，遂派尊良亲王、新田义贞等领兵讨伐足利尊氏，并在十一月二十六日正式削夺足利尊氏官爵。
足利直义与诸将戎装见足利尊氏，请求他出兵迎战官军。足利尊氏不愿蒙受反叛之名，默然良久后，对足利直义等人说：“我以源氏之宗，承久已来，为北条氏所抑制，今日乃获位二品。职忝阃寄，虽以微功，亦帝恩矣，义不可背。今者被谴，正以戕亲王与招兵故也，而二者皆非我所为。陈情控诉，冀其弭疑；或不见听，便当薙发遁世以自明无罪耳。卿等善为身图，我不敢弯弓向王师矣。”还没说完，就“作色而起”，令足利直义等“相顾错愕”。他遁入建长寺，欲剃发为僧，在左右的劝阻下没有马上剃发。其后，足利直义与诸将私下决定迎战官军，结果在十二月五日兵败手越河原，新田义贞率军追至伊豆。在此千钧一发的时刻，足利直义与上杉重能等伪造数十道纶旨，要求追捕足利尊氏兄弟，“以正朝宪”。足利直义将这些纶旨带到建长寺，出示给足利尊氏，并怂恿道：“是手越之战所获。上意如此，公纵遁于桑门，恐不得免，愿思门户之计。”足利尊氏便奋然而起，说：“死生与汝俱！”马上脱下僧服，穿上锦直垂，领兵出战。十二月十一日，足利尊氏在竹下、足利直义在箱根山击败官军，翌日战于佐野山，大友贞载、盐冶高贞倒戈投奔足利尊氏，官军溃败。十三日，又败官军于伊豆。足利尊氏遂率军长驱西进。
建武三年（1336年，延元元年）正月，足利尊氏至近江国，攻陷伊岐洲城，在山崎击破