胁屋义助所率官军。正月十一日，攻入京都。其后一个月，足利尊氏欲进攻后醍醐天皇所在的延历寺，与胁屋义助、楠木正成等反复拉锯，战局不利。赤松则村劝足利尊氏到九州募兵，再取京都。于是足利尊氏于二月十二日率兵渡海赴九州，二十日抵达大宰府之赤间关，期间十分狼狈，士兵两千人溺死海中，接着又分遣诸将守备在本州的根据地，所以只有五百人与他相随，受到当地豪族少贰赖尚的迎接。三月初二日，足利尊氏在多多良滨击败菊池武敏所率数万官军，在九州站稳脚跟。后醍醐天皇又派新田义贞西征足利尊氏，足利尊氏也决意东进，为师出有名，他请来持明院上皇（光严天皇）的院宣，从而造成“两帝争国”的局面。四月初三日，足利尊氏让一色范氏等留在九州，率领少二、大友等九州势力离开博多。途中与中国、四国势力会合，兵分两路，足利尊氏从海路率七千艘水师、足利直义取陆路率二十万大军向东进发。四月二十五日，在兵库和田岬击败新田义贞军，在凑川之战全歼楠木正成的军队。后醍醐天皇在二十七日逃往比叡山。二十九日，足利直义的军队进入京都。足利尊氏也在六月十四日奉光严天皇及其皇弟丰仁亲王进京。八月十五日，丰仁亲王在没有神器的情况下即位，是为光明天皇。之后两军持续交战，由于名和长年等人的战死，后醍醐天皇方面败相毕露。后醍醐天皇命令新田义贞奉恒良、尊良两亲王前往北陆，自己则于十月十日按照足利尊氏之前的邀请返京，十一月二日，授予光明天皇神器。建武新政在仅仅两年半后就宣告结束。
七、室町开府
建武三年（1336年）十一月七日，足利尊氏公布了《建武式目》的十七条，向天下宣布幕府的复兴，并展示了今后施政的基本方针。这一文件不仅明确了幕府的政策方向，也为室町幕府的建立奠定了法律基础。从建武三年（1336年）到建武四年（1337年），幕府的组织结构逐渐确立。足利尊氏在这段时间内被拜为权大纳言，历应元年（1338年）八月十一日，他正式就任征夷大将军，位阶进入正二位，室町幕府正式成立。
在此期间，后醍醐天皇于建武三年（1336年）十二月二十一日秘密逃出京都，潜行至大和吉野，开设朝廷（史称南朝），与足利尊氏拥立的京都朝廷（史称