1640年，英国资产阶级革命爆发。哈维因其王室御医的特别身份，随同国王流亡在外。他曾参加埃吉山战役，受命在防御工事中照顾两个王子，即后来的查理二世和詹姆士二世。在战斗打响后，他却从口袋里拿出一本书来仔细阅读。一颗炮弹在他附近爆炸，他挪动一下位置后又继续学习。这种对知识的渴望和对科学的执着，令人敬佩。
1642年至1646年，哈维随王室在牛津度过了三年流亡生活。在这里，他曾受命担任麦尔顿学院的院长（1645），但他更多的时间是从事于生理解剖学的研究。他与神学学士乔治·巴塞尔斯特一同观察母鸡的生殖和鸡雏的发育，积累了大量的实验记录和观察笔记，这就是他后来发表的《动物生殖》一文的雏形。
七、晚年生活与遗产
1646年，牛津被革命军攻占，哈维回到伦敦。他辞去所有的职务，隐居在几个弟弟家中。尽管身处逆境，他仍保持着对科学的热爱和追求。
1649年，英国内战结束后，查理一世被绞死。哈维因为一直忠于查理一世而被处以罚金200英镑，并被禁止进入伦敦城。然而，这并未改变他对科学的执着和热爱。
1650年，哈维的朋友和学生恩特博士在哈维的弟弟丹尼尔家中见到了他。当时，哈维已72岁高龄，仍在兴致勃勃地从事研究工作。恩特发掘了哈维关于动物生殖观察研究的手稿，并得到哈维的准许，于1651年整理出版。
晚年的哈维常受痛风病的折磨，但他始终保持着旺盛的思维活动。1651年，他秘密捐款为医学院建造一座图书馆。这座以哈维的名义修建起来的宏伟建筑，于1654年竣工正式移交使用。同年，医学院选他为学院院长，但他以年老体弱为理由谢绝了这一任命，只同意担任顾问。
1656年，哈维决定把自己在肯特郡的世袭产业捐给皇家医学院，作为图书馆工作人员的开支和鼓励科学研究的基金。同年，他最后辞去了伦姆雷讲座的工作。
1657年6月3日，哈维突患中风，虽然失去说话能力，但他神志清醒。他把侄儿们请来，向他们馈赠遗物。就在这天晚间，哈维与世长辞。在哈维亲笔写的遗嘱中，把几十年来积累的书籍和文献资料全部捐献给医学院图书馆