埃米尔臣服葡萄牙并向葡萄牙国王进贡。这一举动不仅展示了葡萄牙的武力，也暴露了达·伽马的强硬手段。
舰队抵达卡利卡特后，萨摩林继续奉行一贯的不合作态度。达·伽马要求萨摩林赔偿第一次远航时商站及人员的损失，但未能如愿。与第一次登陆时的克制不同，达·伽马这次采取了更为激烈的行动，下令舰队第二次炮轰卡利卡特城。这次炮轰不仅造成了严重的物质损失，还进一步恶化了葡萄牙与卡利卡特的关系。
在坎纳诺尔附近的海面上，达·伽马捕获了一艘从麦加驶来的埃及商船“梅丽号”（ri）。船上载有300名乘客，包括妇女和儿童。达·伽马下令将这艘商船上的所有乘客全部烧死，这一事件被称为“米里号事件”。这一残酷的行为不仅展示了葡萄牙人的冷酷无情，也进一步加剧了与穆斯林商人的敌对情绪。
为了削弱和打击阿拉伯商人在印度半岛上的利益，达·伽马下令卡利卡特城的统治者驱逐当地的阿拉伯人。随后，他在附近海域的一次战斗中击溃了阿拉伯船队，进一步巩固了葡萄牙在印度洋的军事优势。对于萨摩林而言，这次葡萄牙人的远征不仅仅是贸易和勒索，而是对印度洋贸易路线的全面控制。达·伽马在回国后，留下了5艘船在科钦和奎隆，成为近代欧洲人在亚洲地区的第一支常驻舰队。这些战船不仅保护了两个城市的葡萄牙商站，还负责在贸易季节封锁红海，阻止穆斯林商船进入印度洋，从而确保香料贸易被葡萄牙独享。
在整个过程中，军事行动虽然占据了重要位置，但利益与外交才是达·伽马这样的葡萄牙指挥官的制胜之道。通过与科钦、奎隆和坎那诺尔等城市的结盟，葡萄牙不仅获得了稳定的贸易伙伴，还建立了一个可靠的海上基地网络，为未来的殖民扩张奠定了基础。
1503年2月，达·伽马满载着从印度西南海岸掠夺来的大量价值昂贵的香料，率领13艘船只返回葡萄牙。同年10月，他安全抵达里斯本。据记载，达·伽马此次航行掠夺而来的香料、丝绸、宝石等，其所得纯利竟超过第二次航行总费用的60倍以上。这次成功的远航不仅为葡萄牙带来了巨大的经济利益，还进一步巩固了达·伽马在葡萄牙社会中的地位。他用这些财富买下了原先属于布拉干萨（bragan