映了查士丁尼对异教哲学的不信任，以及他希望统一帝国宗教政策的决心。同一年，撒玛利亚人在巴勒斯坦发动起义，犹太人也参与其中。这场起义是对查士丁尼统治的一次重大挑战，显示出帝国内部的宗教和民族矛盾依然尖锐。
530年，撒玛利亚人的起义终于被镇压下去。查士丁尼采取了严厉的措施，确保叛乱不再蔓延。同年，帝国政府在叙利亚安提阿颁布了一项重要命令，规定凡不承认迦克墩公会议（chalcedon uncil）的人将被放逐。这一命令旨在巩固东正教的地位，打击异端思想，进一步统一帝国的宗教信仰。12月15日，查士丁尼又组成十六人编审委员会，开始编辑《学说汇纂》
四、尼卡事件
531年，查士丁尼任命善于聚敛财富的乔万尼·卡帕多奇（john the cappadocian）为帝国东部的禁军长官（praefecti praetorio orientis）。卡帕多奇上任后，采取了一系列增加赋税的政策，导致帝国许多居民陷入贫困，纷纷涌向首都君士坦丁堡寻求生计。这种社会不满情绪为后来的尼卡起义埋下了伏笔。
532年，君士坦丁堡爆发了着名的尼卡起义（nika revolt）。当时，君士坦丁堡盛行马车竞赛，赛车队以车夫的服色划分为蓝队、白队、绿队、红队等，其中蓝党和绿党的势力最为强大，经常发生冲突。这两支队伍不仅仅是体育团队，实际上已成为政治党派，代表了不同的社会阶层和利益群体。
532年1月11日，一场赛车会在君士坦丁堡举行。蓝党和绿党的支持者在比赛中请求查士丁尼宽恕各自党派中被囚禁的死刑犯，但查士丁尼拒绝了他们的请求，这使得事态迅速激化。1月12日，一些失意的贵族加入了起义队伍，进一步壮大了起义的力量。1月15日，起义者与政府军爆发了武装冲突。他们捣毁教堂，焚烧官署，攻打监狱，袭击皇宫，并有节奏地呼喊着口号“尼卡”（nika，意即“胜利”）。
1月18日，起义者几乎控制了整个君士坦丁堡，并准备推选新的皇帝。面对这一严峻形势，查士丁尼一度打算弃城逃跑。然而，他的妻子狄奥多拉皇后坚决劝阻他不要离开，强调如果皇帝逃跑，后果将