（以及关于他妻子财产的法律纠纷），开普勒无法继续做研究。所以他将他的书信及早期的作品拼凑成了一份编年手稿《编年 纪选集》（eclogae chronicae）。在马蒂亚斯继任神圣罗马帝国皇帝之后，马蒂亚斯重新确认了开普勒皇家数学家的职位（及薪奉）并允许他搬到林茨。
八、林茨的开普勒雕像
在林茨，开普勒的主要职责是在教区学校任教并提供占星术和天文学服务。在那里的头些年，相比在布拉格的生活，他的经济条件更宽松，宗教更自由，虽然鉴于他神学上的顾虑，路德会教堂禁止他参加圣餐。公元1613年，他在林茨发表的第一部作品为《德维罗纪元》，该作品对耶稣诞生的年份进行了进一步的阐释。他还参加审议，确定是否将教宗格列高利十三世（pope gregory xiii）的改革历法引入德国的新教徒地区。同年，他还写了影响巨大的数学着作《求酒桶体积之新法》（nova stereotria dolioru varioru）。该着作发表于1615年，介绍了测量容器容积的方法，如酒桶 [3]。
九、第二段婚姻
1613年10月30日，开普勒娶了24岁的苏珊娜·罗伊特林格（sanna reuttr）。在其第一任妻子芭芭拉死后，开普勒在两年间已经考虑了11个不同的对象（做决定的过程后来成了婚姻问题） [13]。他最终回过头来选择了罗伊特林格（第五个对象）。开普勒曾写道，“她用爱、谦逊的忠诚、节俭持家、勤劳及给继子们的爱俘获了我”。他这段婚姻的前三个孩子格丽塔·里贾纳（argareta rega）、凯塔琳娜与西博尔德（sebald）在童年时代就夭折了。另外三个孩子存活下来并长大成人：克尔杜拉（rdu，生于1621年）、弗里德曼（fridar，生于1623年）、希尔伯特（hildebert，生于1625年）。根据开普勒传记的作者，开普勒这段婚姻比第一段幸福 [3]。
十、经济纠纷及母亲的巫审案
1615年，一个与开普勒的弟弟克利斯朵夫（chrish）产生经济纠纷、名叫厄休拉·莱因戈尔德（ursu regold）的女子，声称开普勒的