讯后立刻与禹磾、安遇庆、金长寿等人迅速赶往现场，成功解救了恭愍王，并将所有刺客尽数诛杀。因为这次英勇的行为，崔莹再次获得了最高级别的嘉奖，被授予“尽忠奋义佐命功臣”的称号，晋升为判密直司（相当于枢密院）事，随后又转任佥议府（相当于中书门下省）评理、赞成事等职位，成为了高丽朝堂上不可或缺的重要人物。
至正二十四年（1364年）正月，高丽内部出现叛乱，曾经投降元朝的高丽人崔濡率领一万名元军士兵，护送德兴君进攻高丽，意在推翻对元朝态度不恭的恭愍王。元军攻势凌厉，迅速占领了宣州（今朝鲜平安北道宣川郡），对高丽构成了严重威胁。面对严峻形势，恭愍王任命崔莹为都巡慰使，前往安州（今朝鲜平安北道安州市）迎击元军。崔莹深知此战的重要性，沿途严明军纪，对于逃兵一律处斩，极大地提高了部队的战斗力。在他的精心部署下，高丽军队在獭川（今朝鲜平安北道定州市）与元军展开激战，最终大获全胜，崔濡被迫撤退。不久之后，元东宁路万户朴伯也大又率军侵犯延州（今朝鲜平安北道云山郡），同样被崔莹指挥下的高丽军队击败。
三、朝廷倾轧
至正二十五年（1365年）二月，倭寇频繁骚扰乔桐岛、江华岛一带，给高丽沿海地区带来了严重的安全威胁。为了应对这一危机，崔莹被任命为东西江指挥使，出镇东江，负责指挥当地的防御工作。然而，此时的高丽朝廷内部却充满了权力斗争。僧侣辛旽（遍照）掌握了实权，他与崔莹之间存在着深刻的矛盾。据记载，崔莹曾公开指责密直金兰将女儿送给辛旽，这引起了辛旽的强烈不满。辛旽利用手中的权力，不断向恭愍王进谗言，诋毁崔莹的声誉。最终，恭愍王听信了辛旽的谗言，责备崔莹在抵御倭寇方面不力，且经常外出打猎，忽视了军事职责，将他贬为鸡林（今韩国庆尚北道庆州市）尹。
同年七月，辛旽进一步诬陷崔莹“交结内宦，离间上下”，并以此罪名将崔莹逮捕入狱。在严酷的审讯过程中，崔莹被迫承认了这些莫须有的罪行。负责审讯的辛旽党羽李得林甚至打算判处崔莹死刑，但这一决定遭到了当时镇守合浦（今韩国庆尚南道昌原市）、正在抵御倭寇的郑思道的强烈反对。郑思道认为处死崔莹将对高丽的军事力量造成重大