达了对旧主的深切哀悼。
崔莹的南征虽然取得了胜利，但也引发了一些争议。王禑认为，如果崔莹没有率军南征，恭愍王或许不会遇害。尽管如此，崔莹的军事才能仍然得到了认可。洪武八年（1375年），崔莹被任命为判三司事，与庆复兴（庆千兴）、李仁任、池奫等重臣共同辅佐年幼的王禑。与此同时，他还要与李成桂一起领兵防备倭寇的侵扰。
洪武九年（1376年）七月，倭寇在连山开泰寺击败高丽军，元帅朴仁桂战死。得知这一消息后，崔莹主动请缨出战。尽管王禑担心崔莹年过六十，身体状况不适合领兵，但崔莹表示：“小小的倭寇如此横行霸道，现在不制伏，以后必然难以控制。如果派其他将领，未必能赢，而且士兵不上战场试试身手，也不能用。臣虽然年老，但志气不衰，只是想安定宗社、保卫王室，愿马上率麾下将士去击退他们！”在崔莹的再三请求下，王禑终于同意了他的请求。崔莹当天就出发，不久在杨广道鸿山（今韩国忠清南道扶余郡鸿山面）遭遇倭寇。他先占据有利地形，然后身先士卒，与倭寇激战。即使嘴唇中箭，崔莹也神色自若，最终力克倭寇，于八月凯旋开京。王禑打算任命崔莹为百官之首——门下侍中，但崔莹表示一旦当上侍中，就不能挂帅出征，希望等到倭寇平息后再考虑。于是，王禑封他为铁原府院君，以表彰他的功绩。
宣光七年（1377年，洪武十年）春，高丽朝廷内部发生了一场政治斗争。李仁任与池奫之间的矛盾日益激化，最终导致池奫被诛杀。崔莹站在李仁任一边，参与了这场政变。事后，崔莹感到非常惭愧，便以年老多病为由请求辞职，但王禑没有同意。同年，倭寇再次骚扰江华岛一带，崔莹以都统使的身份坐镇升天府（今朝鲜黄海北道开丰郡），负责防御倭寇。他与边安烈联手击退了入侵西江的倭船，再次证明了自己的军事才能。王禑曾考虑将首都迁至内地以避开倭寇的侵扰，但遭到崔莹的反对，最终放弃了这一计划。同年九月，崔莹又成功击退了入侵海、平两州的倭寇。
宣光八年（1378年）四月，倭寇再次大举入侵，船只云集窄梁，攻入升天府，逼近开京。崔莹领兵至海丰郡，表示：“社稷存亡，决此一战！”倭寇全力进攻，崔莹一度败走，但李成桂率骑兵与副帅杨伯