之路并非一帆风顺。洪武十七年（1384年）末，他再次退居闲职，改任判门下府事，由林坚味接替门下侍中的职位。尽管退居二线，但崔莹作为“先王所倚重，三韩所属望”的元老大臣，依然在朝廷中具有举足轻重的地位。他的意见和建议仍然对高丽的政局产生着深远的影响。
洪武二十一年（1388年）正月，王禑对林坚味、廉兴邦一伙的不满达到了顶点。为了清除这些权臣，王禑命令崔莹和李成桂联手除掉林坚味、廉兴邦一党。崔莹再次出任门下侍中，执掌国政，而李成桂则担任守侍中。在这次政治清洗中，崔莹大兴诛戮，甚至有滥杀之嫌。例如，任献是一位清官，但崔莹认为他是廉兴邦的同党，且在大司宪任上未发一句直言，便将其斩首，时人为之悲哀。这一行为虽然达到了清除政敌的目的，但也引发了人们对崔莹的质疑和批评。
另一方面，李仁任虽然是林坚味、廉兴邦一党的后台，但之前与崔莹关系密切，并且曾阻止过林坚味等人除掉崔莹的图谋。因此，林坚味被捕前曾叹息“广平君误我矣！”崔莹最终放过了李仁任，仅将其流放至京山府（今韩国庆尚北道星州郡）。崔莹解释说李仁任“功可掩过”，这一决定虽然在一定程度上维护了政治平衡，但也被人诟病为“正直崔公，私活老贼”。
六、失势身死
洪武二十一年（1388年），崔莹刚刚就任门下侍中不久，就面临了一个极其棘手的问题：宗主国明朝宣布设立铁岭卫。高丽方面认为，这是明朝意图恢复元朝时期的双城总管府，迫使高丽割让北部大片领土。面对这一威胁，崔莹采取了强硬的立场，劝说王禑趁机出兵侵犯明朝的定辽卫。王禑采纳了崔莹的建议，于同年四月任命崔莹为八道都统使，与自己一同坐镇后方，由李成桂和曹敏修负责领兵攻辽。此外，崔莹还派遣裴厚前往北元，企图联合北元共同夹击明朝。对于前线将领的班师请求，崔莹坚决拒绝，要求他们继续执行攻辽任务。
然而，这一决策最终导致了高丽内部的严重分裂。同年五月，在李成桂的主导下，高丽北伐大军在鸭绿江心的威化岛发生了哗变。军队掉头攻击王禑和崔莹，史称“威化岛回军”。王禑和崔莹仓皇逃回开京。六月，李成桂和曹敏修率领叛军包围了开京，上书请求除掉崔莹。王