禑虽然不愿意，但迫于形势，不得不任命崔莹为门下左侍中。然而，这并未平息叛军的怒火，诸军继续攻城。崔莹派兵迎战，但未能成功，最终不得不躲进花园的八角殿。最终，崔莹被郭忠辅等士兵逮捕，起初被流放至高峰（今韩国京畿道高阳市），不久后改为流放合浦（今韩国庆尚南道昌原市）。
七月，王禑的弟弟王昌继位，成为新的高丽国王。新王上台后，崔莹再次被逮捕，关押在巡军狱中接受审问。随后，他被流放至忠州。十一月，崔莹再次被关押在巡军狱中。典法司（原刑部）和台谏强烈要求处死崔莹，以平息明朝的怒火。十二月，崔莹被判处死刑，斩首示众，享年七十三岁。临刑时，崔莹辞色不变，表现出了一位老臣的从容和尊严。开京市民在行刑当天罢市，街头巷尾的男女老少纷纷流泪，表达对崔莹的哀悼。崔莹的尸体被丢弃在道路旁边，但过往的行人纷纷下马致敬，都评议使司还赐给崔莹家属米、豆、布、纸等物资，帮助他们办理后事。
崔莹的死标志着他在高丽政治舞台上的终结。尽管他在军事和政治上曾立下赫赫战功，但最终还是因政治斗争和外部压力而落得悲剧性的结局。他的忠诚和勇敢为后人所敬仰，但他的强硬政策和决策失误也给他带来了致命的打击。朝鲜王朝建立后，李成桂于洪武二十九年（1396年）十月命令奉常寺为崔莹拟定谥号，最终赠谥“武愍”。