尽管李如松多次被科道官弹劾，但神宗始终对他宠眷有加，并未因这些弹劾而改变对他的信任。神宗甚至将李如松召回任中军都督府佥书，继续委以重任。
二、扬名西北
万历二十年（1592年），宁夏镇原副总兵哱拜（鞑靼人，东蒙古族）与其子哱承恩勾结蒙古河套部落，发动叛乱，迅速占领了中卫、广武、玉泉营、灵州（今宁夏灵武）等重要城池，威胁到了陕西的安全，全陕震动。朝廷多次派遣平叛军，但进展缓慢，局势十分严峻。
在这种危急时刻，经御史梅国桢的举荐，李如松临危受命，被任命为提督陕西讨逆军务总兵官，统率辽东、宣府、大同、山西兵及浙兵、苗兵等多路军队，前往宁夏平叛。李如松深知此次任务的重要性和艰巨性，他迅速组织部队，制定详细的作战计划，决心一举平定叛乱。
六月，李如松率领平叛大军抵达宁夏。他首先派遣麻贵部出击，击败蒙古河套部落，追击至贺兰山，将其全部驱逐出塞，彻底切断了叛军的外援。这一举措大大削弱了叛军的战斗力，为后续的围城作战创造了有利条件。
与此同时，各路援军陆续到达，将宁夏城团团包围。李如松亲自巡视战场，仔细观察地形和宁夏城的防御工事。他发现宁夏城紧邻黄河，城防坚固，直接攻打难度较大。于是，李如松决定采取水淹城池的策略。他下令决开黄河，引导河水冲向宁夏城。随着河水的涌入，城内的水源被切断，叛军陷入弹尽粮绝的困境，军心涣散，斗志全无。
九月十六日，宁夏城的防御工事在长时间的浸泡下开始崩塌。李如松见时机成熟，立即下令全面攻城。明军士气高昂，一鼓作气攻入城内。叛军在内外交困的情况下，已经无力抵抗，纷纷溃散。哱拜在干掉两个属下后，向李如松投降。李如松虽然接受了投降，但为了防止后患，最终还是处决了哱拜及其族人，彻底平定了叛乱。战后，李如松因功晋升为中军都督府都督，并获得世荫锦衣卫指挥同知的恩赏。
三、誓师东征
16世纪末，日本权臣丰臣秀吉以武力统一了日本列岛，执掌日本的军政大权，其野心也随之骤然膨胀，制定了占领朝鲜、征服中国，进而向南洋扩张的军事侵略计划。万历二十年（1592年），丰臣秀吉挟