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直到斐迪南·麦哲伦投靠西班牙后，达·伽马才重新引起了国王的注意。他向国王威胁说，如果得不到足够的重视，他也会效仿麦哲伦投靠西班牙。这一威胁最终促使国王重新考虑达·伽马的价值，避免将印度总督的职位落入西班牙手中。
五、因病去世
瓦斯科·达·伽马在完成第二次远航印度的使命后，不仅为葡萄牙带来了巨大的经济利益，也巩固了自己在国家中的地位。1519年12月29日，葡萄牙国王曼努埃尔一世签署了一项皇家法令，封达·伽马为维迪格拉伯爵一世。这项法令不仅授予达·伽马及其子孙众多特权，还使他成为葡萄牙历史上第一个没有王室血统的贵族。这一荣誉不仅是对他个人成就的认可，也是对他在印度洋贸易和海上霸权建立中所作贡献的高度肯定。
然而，曼努埃尔一世在1521年去世后，他的儿子若昂三世继承了王位。若昂三世上任后，开始重整葡萄牙的海上霸权，达·伽马成为新国王的重要顾问，为新国王提供意见和策略。面对西班牙对摩鹿加群岛的威胁，达·伽马主张将重心放在印度，而不是像曼努埃尔一世那样专注于阿拉伯。他认为，印度的潜力更大，战略意义更为重要。
当时的印度总督杜阿尔特·德·梅内塞斯（duarte de nezes）因无能和腐败引发了多方不满。若昂三世决定用达·伽马替代梅内塞斯，希望凭借达·伽马的名声和过往成就，能够在葡属印度建立权威，改革当地政府，并制定新的策略。1524年，若昂三世正式任命达·伽马为印度总督，这是继1505年弗朗西斯科·德·阿尔梅达（francis de alida）之后，第二个获此殊荣的人。此外，达·伽马的第二个儿子埃斯特万（estêvo）被任命为印度海军指挥官，取代梅内塞斯的兄弟。若昂三世还承诺，达·伽马的几个儿子可以先后担任葡萄牙麻六甲舰队的队长。
1524年，达·伽马以“武力至上的问题调停者”的身份前往印度，意图替换无能的梅内塞斯并巩固葡萄牙在印度的统治。他派遣了更多的军舰到东非和西印度，以加强葡萄牙在这些地区的控制。然而，命运弄人，达·伽马在抵达印度果阿不久后，不幸感染了疟疾。12月，他在卡利卡特病逝