亡将士家属，亲为之设祭东郊，招魂以归。
太府主簿马鲂向张轨进言：今四海动荡，晋军皆亡，惟余凉州精锐。明公若率凉州之兵直捣平阳，必将所向披靡，有征无战。不知明公何所担心，见义而不为耶？
张轨闻谏，以手指心，在纸上写道：此亦某之所欲为之事也。
于是下令阖州练兵备战，打算倾一州之力，择机进攻平阳，以救怀帝。
此后不久，秦王司马邺进入关中，驻陛长安。
张轨闻报，迅速传檄关中：主上遇险，流落贼营；普天分崩，举国丧气。今秦王邺天资卓越，圣明仁德，神机武断，以应天时。世祖之孙中，秦王今为长者。凡我大晋之人，食粮之民，占卜取卦克期效忠，光明险恶同心同步。应选择吉日，奉尊秦王登基继位。今派前锋督护宋配，率步骑兵二万，直抵长安护卫天子，击退左右之敌。西中郎将张寔，率中军三万，武威太守张琠率胡骑二万，络绎进发，于仲秋在临晋会师！
檄文到处，应声如响。
秦州刺史裴苞、东羌校尉贯与占据险要，发檄与朝廷断绝往来，张轨令宋配率兵讨伐。
曹祛余党麹儒等威逼前福禄令麹恪为主，逮捕太守赵彝，与裴苞相为呼应。张轨檄令张寔回师讨伐，斩杀麹儒；复命左督护阴预与裴苞战于陕西，亦大败之。
裴苞势穷，率残部逃到桑凶坞。
永嘉七年，太子司马邺继位为晋愍帝，并升张轨为司空，张轨再次坚辞不受。建兴二年，晋愍帝再拜张轨为侍中、太尉、凉州牧、西平公，张轨又坚决辞谢。
建兴二年五月，张轨卧病不起，临终遗言：凉州文武将佐皆应各尽忠义，务必安抚百姓，上报国家，下安家室。我死之后，诸公善自辅助我儿安逊，听从朝廷旨意，休负某之重托。
又上表朝廷，请立其子张寔为世子。五月己丑日，张轨去世，终年六十，葬于建陵。
朝廷甚为悲悯，下诏追赠侍中、太尉，谥号为武公，亦作武穆公。
张轨既亡，其亲信部将遂拥立其长子张寔，继任凉州牧之职。晋愍帝下诏，授任张寔为持节、都督凉州诸军事、西中郎将、凉州刺史、领护羌校尉、西平公。
建兴三年冬，上军士张冰在兰