是发檄天下，起兵响应王恭。
朝廷闻报大为畏惧，为息三州之乱，故杀王国宝、王绪，以谢天下。王恭本无大志，既出胸中之气，于是罢兵。
叛乱平息之后，司马道子虽谓有惊无险，但亦因忧虑王恭及殷仲堪南北联手威胁朝廷，乃引司马尚之和司马休之为心腹，把揽兵权，以制衡各镇诸侯。
隆安二年，桓玄见殷仲堪非为行大事者，乃欲出仕自为，遂上书天子，请求朝廷诏准自己出任广州刺史。
奏疏入朝，适逢司马道子亦不欲其继续盘踞荆州，于是令其总督交、广二州军事，封建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节。
桓玄虽受任命，却不不肯南下就职，留于荆州继续观望。
其后未久，司马道子听从司马尚之建议，复又削夺豫州刺史庾楷防地。
庾楷大怒，遂劝王恭再度举兵。王恭遂复联结桓玄、殷仲堪，举兵讨伐司马尚之兄弟，王恭自为盟主。
殷仲堪谓王恭此番必定成功，于是分兵五千给桓玄，使随前锋南郡相杨佺期顺江南下。
杨、桓二人到湓口，江州刺史王愉逃奔临川，被桓玄派兵追获。及后庾楷败于司马尚之，前来投奔桓玄，桓玄即于白石大败朝廷军。
及后北府兵将领刘牢之倒戈相向，王恭因而败死；桓玄与杨佺期进至石头，迫使司马元显回防京师，并命丹阳尹王恺守石头城。
刘牢之率北府军入援京师，桓玄与杨佺期畏惧，撤回荆洲，由此与朝廷军对峙。
司马道子对刘牢之道：不如利诱桓玄和杨佺期，令二人倒戈攻击殷仲堪，则其盟自散。
于是诏命以桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，而贬殷仲堪为广州刺史。殷仲堪大怒，命桓玄、杨佺期率兵进攻建康。
桓玄、杨佺期不从，决定接受朝廷任命。于是殷仲堪大惧，开始撤军。杨佺期部将刘系先行撤退，桓玄遂狼狈西退，直至浔阳追上殷仲堪。
殷仲堪既失荆州刺史，需倚桓玄为援，桓玄亦要借助殷仲堪兵力，故此再次据势相结。因桓玄家世声望，殷仲堪与杨佺期共推其为盟主，遂相约皆不受朝命。
司马道子见此大为恐惧，唯有下诏安抚，并命殷仲堪复任荆州刺史，请求和