钱塘，上奏朝廷。
晋文帝担心孙恩再来，于是令刘牢之还镇，留谢琰驻防会稽。
隆安四年，孙恩复引众登岸，再次进攻建康。谢琰复请调刘牢之引军前来，二人合力，再次击退孙恩。
因谢琰极具资历名望，当时朝议，皆谓其必定能平定叛乱，安定三吴。而谢琰三战孙恩皆胜，亦自轻敌，到会稽郡后既不安抚士民，亦不修整武备。
帐下诸将进谏：强贼在海，伺人形便，将军宜振扬仁风，收降纳叛，开其自新之路。
谢琰不以为然，对众大言：当年苻坚百万之众，尚且送死淮南；况孙恩仓皇逃到海上，怎能东山再起！若孙恩再来，正是上天不容，让其速来送死而已。
于是耽于围猎，并不练兵。
隆安四年五月，孙恩率众出浃口，攻余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦。谢琰初遣参军刘宣之击退孙恩，但不久孙恩又再进邢浦，败上党太守张虔硕，直向会稽进发。
部将皆谓：贼军复来，将军应在南湖设水军列阵，并分派伏兵，突击来袭叛军。
然而谢琰大意，皆不肯听。
五月己卯日，孙恩兵临会稽。谢琰轻敌，早晨不待传餐，便令部众出战，遣广武将军桓宝为前锋，自率大军绕行间道，欲迂回敌后，一举平定孙恩叛乱。
桓宝奉令引军而出，一战得胜，杀敌甚多。
孙恩又故伎重施，见战之不利，复引军还归船上，欲再泛舟入海；但见桓宝兵少，遂不即逃走，列其兵众于江面，与晋军水陆相持，以待时变。
谢琰派出先锋迎敌，自率大军在河塘之间窄路而出，欲抄袭叛军后路。
不料乡间遍布水塘，大军无法结阵而行，只得排成一字长蛇之形逶迤而行，人马杂踏，再无隐蔽可言。
岸上叛军细作发现谢琰大军，遂急下船，飞报主将：晋朝大军正沿江而行，欲抄我军后路，断我退往海上归途。
孙恩闻此大怒，说道：姓谢的，今番不是你，便是我！传令全军将船靠岸，在江面船舰中向陆上射箭，攻击晋军。
谢琰军队毫无防备，首尾不能相顾，一阵箭雨之后便前后断绝，四散奔逃。
孙恩见状大喜，急命全军上岸击杀，将晋