族寒士，薛安都、崔道固、垣护之、柳元怙等晚渡北人，邓琬、沈文秀等江南土着寒士，此后皆得孝武帝陆续提拔重用。
画外音：从此，“寒人掌机要、武夫掌兵权、典签控州镇”成为南朝政治惯例，门阀世族揽政之局，遂成往日尘烟。
为削弱地方势力，孝武帝诏命改置州镇：将扬州分为扬州及东扬州二州，复东晋之后所废置湘州，分统原荆州所统长沙八郡，又分荆、湘、江、豫共八郡置郢州，分荆州郡县充实雍州侨郡县，并废除荆州重兵来源南蛮校尉，将其营户兵力一律迁至建康。荆、扬二州自东晋偏安江左以来，百余年间数次威胁朝廷，经孝武帝政区改革，遂形成荆、雍、郢、扬、东扬五州相互牵制格局，荆、扬对立威胁京城之局自此彻底终结。
孝武帝另分出扬州六郡及南徐州南琅邪郡，设置王畿，高于畿外诸州地位。实行王畿制度与分割监察地方州镇，试图建立以王畿为核心，控御四方之国家形态。
在整顿吏治方面，孝武帝创立御史中丞专道制，提高御史监察地位，加强对吏治整顿。此制后被齐、梁、陈历朝所继承，并被北朝借鉴。又对除边镇以外地方兵权进行限制，诏令刺史守宰无论动民兴军，皆须遵照皇帝手诏施行。同时革除地方下属对封君称臣之制，削弱地方封国诸侯权力。诸侯拥兵割据，分置百官旧习自此便被革除。
经济方面，孝武帝劝课农桑、抑制兼并、赈济穷困、减免赋租、兴修水利、精简机构、开禁江海田塘、限制士族封山占水、禁止皇亲显贵经商逐利，恢复皇帝亲自耕田仪式。诏令开始课征南徐州侨民租，宣告南徐州二十二万侨户免租不籍特权被正式取消。如此不仅增加国家编户，亦兼打击京口一带功勋高门、豪强大族。
孝武帝又推行检籍，将与商人通婚或私下经商士族，一律开除士族资格并黜为将吏，对开除士籍却不肯服役者改用军法处置。撤并雍州各侨州郡县，完成并省雍州所属三郡十六县为一郡，又再省其余侨置十三县。至大明五年，完成雍州土断属籍，又课租清查当年刘裕未行土断之南徐州侨民，至此完成土断制。下诏军户免除军籍成为平民，对正在服刑官奴中老弱病残者全都恢复自由。同时免军户立郡县，使其正式纳入编户齐民。还设立台传机构，加强中央财政，