新任刺史尚未到任，后废帝遂命沈攸之暂管荆州事务。
沈攸之到任后，李承明已被平定，于是被正式任命为都督八州诸军事、镇西将军、荆州刺史。沈攸之暗藏反意，将郢州精兵也带至荆州任所。
此时就任荆州，沈攸之便以讨伐蛮族为名，征发民力，召集士卒，部署军务，又征收重税，修缮兵甲，养马两千余匹，造船近千艘。此外还任意截留过境士子、商旅，藏匿亡命之徒，对朝廷制度从不遵奉，富贵程度不亚王公，后房妓妾达数百人，皆为一时绝色。
元徽二年，江州刺史桂阳王刘休范密谋造反，命道士陈公昭送信给沈攸之，称其为沈丞相，欲引以为同党。
沈攸之只看封皮称呼，已明其意，故此并不拆信，即将陈公昭交付朝廷。
不久刘休范起兵袭击京城，沈攸之对僚佐说道：桂阳王如今造反，必定声称与我同谋。我若不勤王，则定会引起朝廷怀疑也。
于是派部将孙同、沈怀奥率兵东下，接受郢州刺史晋熙王刘燮指挥。孙同等奉命起兵勤王，大军刚过夏口，探马报说刘休范已被朝廷平定，便复率兵返回荆州。
因沈攸之有勤王之举，故此同谋造反谣言不攻自破。朝廷由此进封沈攸之征西大将军、开府仪同三司，沈攸之拜受征西大将军，但固辞开府之赐。
众臣以皇太后名义派中使去荆州，探查沈攸之意图。中使试探道：朝廷皆谓明公在外辛苦镇边，宜回京城执政。然明公职位特重，极难使他人替之，去留大计，惟明公自决。
沈攸之答道：臣蒙受国家大恩，勉为此职。某本来不配朝廷重职，今防守边疆，讨伐反叛蛮族，尚能勉强胜任。若皇太后命我归朝，某则焉敢自定去留？惟听朝廷旨意。
中使以此回报，朝廷愈加忌惮，调其回朝之事只得作罢。
元徽四年，巴东建平蛮叛乱，沈攸之派兵讨伐。不久刘景素复据京口造反，沈攸之权衡利害轻重，便又下达指令，遣使追回讨蛮之军。
巴东太守刘攘兵与建平太守刘道欣皆疑沈攸之有野心，截断巫峡归路，不使荆州军回。
当时刘攘兵长子刘天赐为荆州征西大将军府西曹掾，正在沈攸之帐下效力。沈攸之便独召刘天赐说道：今刘景素起兵谋反，我