发如狂，下诏立将太子承乾囚禁于右领军府，并汉王李元昌、潞国公侯君集、驸马都尉杜荷等人，凡参与太子谋反者，皆被擒拿入狱。
因事发突然，众人毫无防备，自然一举成擒。纥干承基因告密有功，被任为佑川府折冲都尉，赐爵平棘县公。大乱未发，就此平息。
对于如何处置太子，唐太宗思之再三，终不能决，只得议于朝臣。
诸臣面面相觑，无人敢答。只因皇子谋反，根本无需商讨，按律当诛。
沉默半晌，通事舍人来济出班奏道：微臣冒死以闻。齐王谋反之事未息，天下惊骇；若再穷按太子之案，则必朝野震怖，复见隋末之事。未若法外施恩，使陛下于上不失作慈父，太子在下得尽天年，即为善之善者矣。
众臣听罢，俱各无辞。唐太宗闻言泣下，连声赞叹，于是终得下阶，命将李承乾废为庶人，流放黔州，保住爱子一条性命。
来济也因此得到唐太宗看重，当即封为考功员外郎，次年又升中书舍人，使与令狐德棻等人共同撰写《晋书》。
庚寅，唐太宗亲谒太庙，向高祖谢废太子承乾之过。尔后还宫升朝，商议重新立储。群臣就立魏王李泰与晋王李治之间产生分歧，争议不已。
最终唐太宗叹道：若魏王李泰得立，则承乾、晋王皆不得存；晋王李治得立，李泰共承乾可保无恙也。
于是当机立断，遂立性格温和之晋王李治为太子。
四月庚辰，赐令汉王李元昌自尽，杜荷、侯君集等人尽皆族诛。张元素身为左庶子，虽然前曾秉直屡谏，但自被行刺之后便即放任自流，从而对太子失于劝导，罢为庶人。
在此期间，复有朝臣为侯君集求情，太宗怒而不从，即命择日行刑，诛杀于市。
镜头闪回，三年之前。
李靖告老辞去兵权，唐太宗改任侯君集为兵部尚书，天下兵马总指挥。又命李靖将侯君集收录鬼谷门下，教其兵法战略。
其后未久，侯君集上奏天子，预告李靖谋反，因为每到鬼谷兵法精微之处，李靖则令自己揣摩，从不详加教授指点。
唐太宗听后，虽然不相信李靖怀有谋反之意，但亦责备其藏私不教。
李靖答道：陛下明察，如今吐厥