木叶 50 年 6 月 22 日，波风水门成为木叶第四任火影。
与原时空不同的是，水门不再是谁的傀儡，也不再被谁左右。
新时代的开始也标志着新政治格局的开启。
接下来就是木叶的权利的重新分配。
首先是火影顾问团的成立。
自来也、日向日足和奈良鹿久成为了新顾问团成员。
其中自来也是被迫的，他当顾问长老的条件就是玄武不会暗中做掉猿飞日斩。
至于玄武和纲手，他俩对这种东西全无兴趣，任凭水门如何请求，就是不加入。
接下来是火影的直系力量，暗部。
旗木朔茂重新走马上任成为暗部部长。
旗木卡卡西被任命为火影护卫队队长，贴身保护水门安全。
原先死忠于猿飞日斩的暗部成员将被逐步剔除，重新按比例从各家族和平民中挑出一批忍者，由旗木朔茂统一训练后充实暗部。
这些新加入暗部的成员中，有一人的身份极为特殊，那就是宇智波鼬，他不仅成了暗部，还成了火影护卫队成员，顶头上司就是卡卡西。
关于宇智波鼬入暗部一事，水门特地征求了玄武的意见，想让他把把关。
玄武的回复是：你是火影，你说了算，爱咋咋滴，我不管。
得，白问。
思前想后，水门还是把鼬纳入暗部，他不是三代火影，容得下宇智波，也真心希望最后的宇智波能真正融入木叶。
不过相对于顾问团的顺利成立，暗部改革就不是那么一帆风顺了，三代火影的掣肘让暗部权力交接相当磨叽，这也没办法，只能慢慢来。
第三，成立根部。
此根部非彼根部，没有训练暗部、监察村子等各种权利，它的任务只有一个，那就是刺探其他各国情报，相当于木叶放出去的眼睛。
因为这件事不怎么光彩，万一暴露很有可能引起国际纠纷，所以根部成员不从木叶村招募，而是由自来也的后花园抚子村以及玄武的私人基地草忍村、泷忍村和鬼灯城出。
根部首领是自来也，所收集到的情报由他统一接受，再传给水门。