战中官军数量很少，反而大量依靠民壮、乡兵及商民的力量来抵御倭寇。浙江沿海海防卫所，徽州府、宁国府、太平府的驻防卫所，乃至作为留都南京城所在地的应天府， 数额理应相当巨大的卫所官军，面对倭寇的袭扰，全无作为。
唐顺之曾经写信给朱载坖，叙述了他巡视南直隶卫所的所见：国初沿海建设卫所，联络险要。 今军伍空缺，有一卫不满千余，一所不满百余者。
一卫本应有五千六百官军，一所应有一千一百二十人，缺额竟达九成之多。
至于明军的战力低下，自不讳言，卫所兵若是有用，东南的督抚也不会请调客兵或者训练营兵了。
至于城池，朱载坖直接在奏疏中说道：然浙之嘉湖与直之江南诸郡，固泽国也，县多无城，府虽有城而弛斥不堪御寇，况承平日久，骤加倭警，非惟乡民奔窜不自保，凡城中居民亦无固志。
同时提出了御倭的三种方式：今日海防之要惟有三策：出海会哨，毋使入港者， 得上策；循塘拒守，毋使登岸者，得中策；出水列阵，毋使近城者，得下策；不得已，而至守城，则无策矣。
写好之后，朱载坖遣滕祥将奏疏送交黄锦，请他代奏。