而尼古拉的反应也出乎常人意料。
他在表面上不仅没有因此对日本产生愤怒，反而是向有栖川宫炽仁亲王表示，这不会影响两国友好，甚至还特别邀请日本使团回访俄国。
而日本发布了1系列的补救措施，命令全国所有宗教道场1律为尼古拉祈福，并发动全日本各界向沙俄使团写慰问信，甚至还有1名日本少女在寄
出信后以自尽的方式表达了用自己的生命替国谢罪的意愿。
不过，沙俄官方却并没有像尼古拉皇储1样，反而是大4叫嚣要发兵日本，但囿于兵力空虚，并未能真正实现，只能严厉督促日本严惩凶手。
尼古拉皇储也很快离开了日本，在他们离开之前，明治不顾周围人的反对，亲自带领3位亲王登上沙俄战舰送行，并派遣了1支使团前往俄国。
但事情正好就在这时候又发生了反转。
日本首相松方正义召开了内阁紧急会议，会上达成1致意见，以“大逆罪”罪名处决罪犯津田3藏，承担国际法上政府责任。
外交上息事宁人，刻不容缓，杀1浪人，又有何惜？
并将内阁善后决定，向前首相、现任元老院院长伊藤博文通报。
日本最高司法机关大审院（最高法院）火速组成特别法庭，当晚由1名预审法官和两名检察官，对“大津案件”进行审理。
不过，司法机关与力主从严从快从重的行政机关很快就因如何适用刑法产生严重分歧，相持不下。
日本内阁以案件牵涉日俄外交关系，俄国随时发动战争，且早有两国密约为由，主张非重判不可。
而新出任大审院院长1职的儿岛惟谦，拍案而起，就法言法：
“以《日本刑法》第116条，规定凡加害日本天皇、皇后、皇太子等皇室成员者，不分未遂即遂，1律处以死刑。这1条加害皇室之罪，只适用于保护日本皇室成员人身安全，而非访日的外国皇室成员，后者地位与普通日本国民无异，其理甚明。”
“事涉两国邦交，关系国家重大利益，且以事前国朝早已与露西亚签有协议，内阁已然决议适用刑法116条，并已通报俄国，为国之大计，还请儿岛君相忍为国。”松方正义为此不惜亲自