艾玛·罗素历经艰辛，终于完善了奥卡系统。随后，她携爱女麦迪森·罗素踏上了前往中国云南帝王前哨站的征途。
抵达之际，奇迹般的一幕映入眼帘——幼虫形态的魔斯拉自蛋壳中优雅孵化，预示着自然界的又一重生。
然而，好景不长，艾伦·乔纳率队突袭基地，不仅掳走了艾玛母女与奥卡装置，更不慎释放了初生的魔斯拉。魔斯拉在壮丽瀑布之下，缓缓结茧，静候蜕变之刻。
与此同时，帝王组织的核心成员正出席政府听证会，突如其来的警报打断了会议——云南基地遭遇不明袭击。
他们立即中断议程，芹泽等人更是马不停蹄地寻找隐居的马克·罗素。在情与理的双重呼唤下，马克决定重出江湖，一为解救挚爱妻女，二为防止奥卡系统落入恶人之手，成为操控怪兽的工具。
乔纳一伙则将艾玛与麦迪森囚禁于南极前哨站，企图利用她们达成不可告人的目的。
另一边，科学家们察觉到南极冰封下的基多拉可能出现了异变，遂乘坐旗舰“阿戈”紧急前往探查。
南极之战一触即发，马克在混乱中终于与妻女重逢，但艾玛却做出了令人震惊之举——她启动了起爆装置，炸碎了基多拉的冰封囚笼，释放出这头古老邪神。
就在这千钧一发之际，哥斯拉从深海中破浪而出，与基多拉展开激烈交锋，为人类争取了宝贵的撤离时间。基多拉虽暂时撤退，却留下薇薇安博士牺牲的沉痛代价。
幸存者们转战墨西哥前哨站，却意外遭遇泰坦巨兽拉顿的现身，而基多拉亦紧随其后。面对强敌压境，众人决定利用两兽间的自然冲突进行救援。
拉顿虽英勇应战，却终究不敌基多拉的强大力量，迅速败下阵来。基多拉转而追击“阿戈”号，危机再次降临。关键时刻，哥斯拉再次挺身而出，与基多拉展开了一场惊天动地的大战，甚至咬下了基多拉的一个头颅。
然而，人类的干预却带来了意想不到的转折——一枚新型大规模杀伤性导弹命中战场，意外终结了哥斯拉的生命，而基多拉却奇迹般地恢复了伤势，甚至再生了失去的头颅。
基多拉的愤怒彻底爆发，它唤醒了地球上沉睡的多只巨兽，命令它们肆意破坏，世界陷入前所未