十天之后，沈飞收到邸报和密信的消息，锦衣卫“教导连”正式发威了，锦衣卫也进行了彻底的改组。
事情还是从整顿京营开始的，张庆臻把整顿京营的事情办砸了，还拖下水了刘鸿训，使内阁成员来了地震式的大换血，京营的整顿却还要继续。崇祯在兵部和吏部的推荐下，在文华殿召集了宁阳侯陈光裕、襄城伯李守琦、清平伯吴遵周，诚意伯刘孔昭四个人，让他们各自说说整顿京营的想法，几个人面试下来以李守琦的想法最有条理，说出了十几条措施，自信程度堪比茅元仪，似乎只要任用他就能扫除京营弊端，整顿出十万精兵来，让崇祯大赞人才，任命他提督京营，可是没过几天马上就碰了一个大钉子。
李守琦上任以后，一开始确实雷厉风行地干了几件事，四天内就宣布清退老弱三千多人，把一千多个冒名顶替的人打了一百军棍，又砍十几个在街头打架斗殴的营兵，这样一通雷霆手段下来，自以为可以严明军纪，把京营收拾了服服贴贴，就上疏夸耀。
可是到了第六天，就有一队京营士兵，不知道在谁的指使下，带着兵器，骑马在街上横冲直撞，喝了酒后，冲到店铺里抢劫并砍伤了店主，甚至一路冲到皇宫附近的大明门外，挥舞兵器大声吵闹。锦衣卫上去查问，这些士兵说是襄城伯让他们长长血性，和锦衣卫发生了冲突，最后锦衣卫和巡捕营联合才把二十多个人制服抓捕。
京营士兵公开作乱，性质严重。这还只有二十多人，如果是两百、两千麻烦就大了。虽然很容易就能想明白这事情不可能是李守琦指使的，是有人在使坏想把李守琦整下去，搅黄京营整顿的事情，可是毕竟是在担任京营提督以后闹出来的乱子，他也肯定有责任，崇祯只能把他停职，第二次整顿京营又宣告中断失败。
崇祯又找了一些武官勋贵问京营究竟是怎么回事，诚意伯刘孔昭感叹，京营的营兵都是北京的老居民，标准的地头蛇，和京城里方方面面的势力都有联络，身份从贩夫走卒，到权贵仆从，从锦衣卫到太监宫女家属乃至后妃外戚，几乎每一个都有背景，整治哪有这么容易的？高文彩也说北京城里的流言大多出自三大营，一人造谣进营传到一队，一队传一营，一营能传遍全城、传到满朝文武、传进内廷，煽动力极强。恭顺侯吴汝胤更直说