，这也让日后的康熙感到十分的遗憾。玄烨的母亲佟佳氏当时只是一位不得宠的庶妃，而他的父亲甚至把全部的目光都汇聚在了董鄂妃的身上。
在董鄂妃去世后的四年，顺治皇帝因感染天花病逝。当时顺治诸子都很年幼，传教士汤若望建议选择玄烨为继承人，因为他已经感染过天花，对天花具有免疫力。
于是，年仅8岁的玄烨登基为帝，开始了康熙皇帝的统治。
康熙帝由四大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜辅政。两年后，皇太后佟佳氏也预祝不起年幼的学业，日夜照顾，亲尝汤药，但却没有挽回母亲的生命。
玄烨非常伤心，昼夜守灵，水米不进，哀哭不停。幸好还有孝庄太皇太后悉心教导学业，在祖母的用心教育之下，年幼的玄烨成长为一位好学英明的皇帝。
当时的辅政四大臣中，鳌拜最为跋扈。1667年索尼病逝后，14岁的康熙亲政，而鳌拜却没有丝毫放权的举动。
另一位辅政大臣苏克萨哈主动表示辞职，然而还没等皇帝表态，鳌拜就给苏克萨哈捏造出了一大串罪名，给他判了个死罪。康熙坚决反对，但是鳌拜一意孤行，最终还是处死了苏克萨哈。自此以后，鳌拜的气焰更盛，使得康熙对他十分恼火。
君臣二人明争暗斗，互不相让。为了扳倒鳌拜，康熙在宫中训练侍卫，做布库之戏，掩人耳目。1669年，康熙智擒鳌拜，让侍卫们当场拿下鳌拜，随后列出鳌拜30条大罪，铲除了鳌拜的党羽，彻底将朝政大权握于己手。
在铲除鳌拜之后，康熙下令整顿吏治，停止圈地，恢复内阁翰林院，禁止买良民为奴。但是很快康熙就要面对自己亲政以来最大的危机——三藩。
所谓的三藩指的是平南王尚可喜、靖南王耿精忠、平西王吴三桂，他们分别镇守于福建、广东、云南，其中以吴三桂实力最强、功劳最大。为了笼络吴三桂，清朝还将皇太极的小女儿嫁给了吴三桂的儿子吴应熊。
1673年，平南王尚可喜因为与儿子不合自行返回辽东，康熙借机要求其撤藩。不久，吴三桂和耿精忠也请求撤藩，这自然也是在试探清廷。
康熙认为吴三桂迟早都会造反，于是就下旨让吴三桂与耿精忠撤藩。使者前去接收时，吴三桂