随后的几日，刑部与京都府尹的调查紧张而艰难地推进。京都府尹派出众多人手，不遗余力地四处搜罗证据，然而过程却充满了阻碍。
刘福楼行事向来谨慎狡猾，他的罪证虽然收集齐了，但是他与同党的往来大多通过隐晦的暗号和秘密的渠道，这使得证据的获取极为困难。比如，他们在商讨贪污受贿之事时，会选择在人迹罕至的荒庙中。那荒庙位于京都郊外的深山之中，周围丛林密布，平日里罕有人至。每次商议时，他们都选在深夜，还会在庙外安排心腹望风。谈话时用暗语交流，这些暗语是他们自行编造的一套独特语言，外人根本难以理解。
又比如，他强占百姓田地的契约被巧妙地伪造和藏匿。为了藏匿这些契约，刘福楼命人将其封存在一个个特制的铁盒中，然后埋在自家后院的一棵老槐树下。府尹的人几乎翻遍了整个京都，耗费了大量人力物力，四处询问、排查，才在一个不起眼的地窖中找到部分关键契约。而这些契约上的签名和印章经过了精心伪造，需要专业的鉴定人员仔细比对才能分辨真伪。那些契约纸张泛黄，字迹模糊，部分地方还有刻意涂抹和修改的痕迹，显然是为了掩盖真相而做的手脚。
不仅如此，办案人员还找到了一些账本，上面的账目记录得杂乱无章，数字被篡改得面目全非，试图混淆视听。但细心的官员还是从其中一些细微的笔迹差异和账目逻辑的矛盾之处，发现了端倪。
还有一些与刘福楼勾结的官员之间的往来书信，信中的措辞隐晦，需要反复推敲才能读懂其中的深意。有的信甚至使用了藏头诗的形式来传递关键信息，若不是办案人员心思缜密，恐怕很难察觉其中的秘密。
刘福楼还在地方上培植了众多亲信，这些人在调查过程中故意设置障碍、散播谣言，试图干扰办案人员的视线。有的地方官员为了保护自身利益，对调查百般阻挠。比如，当办案人员前往地方询问证人时，当地官员会提前给证人施压，威胁他们不许说实话，否则全家性命难保。甚至有证人在准备向办案人员吐露实情时，突然失踪，使得调查陷入僵局。
在抽丝剥茧的调查过程中，令人震惊且愤怒的真相逐渐浮出水面。刘福楼不仅在京都作恶多端，还与地方众多官员沆瀣一气，形成错综复杂的利益网络。