南”内部争夺革命最高领导权引起的，斗争的焦点是要不要另组革命政府取代“卡蒂普南”的领导。
一方是出身望族的阿吉纳尔多代表的反殖民“士族”派，另一派则是出身城市平民的博尼法西奥等反殖民“寒族”派，这时，阿吉纳尔多已经开始密谋改组“卡蒂普南”为雏形的中央政府。
1897年，更换了总督的西班牙殖民者对波拉别哈和甲米地发起了更加猛烈的攻击，西班牙将领拉查布雷敏锐地发现了阿吉纳尔多和博尼法西奥的龃龉，他送出了劝降信，并且只发送给了阿吉纳尔多。
在对抗殖民者的生死关头，原本同仇敌忾的菲律宾民族解放势力内部却更加地分化，在讨论应对糟糕局势的特赫罗斯会议上，阿吉纳尔多和博尼法西奥就劝降信的真实问题上，以及是否要成立新政府问题上发生了严重的争吵，其结果是血腥的。
1897年4月，手握兵权的阿吉纳尔多依靠他的秘密卫队将博尼法西奥秘密逮捕，一个月后，博尼法西奥被秘密枪决。
迫于美西战争的大环境，在古巴和波多黎各节节败退的西班牙殖民者，虽然依然能对菲律宾当地的反抗者呈压倒性优势，但1898年5月1日的一声炮响，为他们敲响了丧钟。美国舰队在亚洲分舰队总司令乔治杜威的带领下杀入了马尼拉。
这场战争对西班牙殖民者只能最多算是郁闷，但对菲律宾民族解放运动则是悲怆的。
才脱狼群，又入虎口，刚刚建立的菲律宾第一共和国面临着夭折的危险，他们五次“迁都”，历时两年多的独立战争，还是以失败而告终。
和西班牙硬桥硬马地和菲律宾民族主义者互怼不同，深受实用主义和新教伦理浸淫的美国人吞并菲律宾的行为显然更加高明，他们以台面上的“条约体系”和台下的武力威胁相结合，避免了在外交和军事上的四处受敌。
而且胡萝卜和大棒的双下并用，拉拢了民族主义者的既得利益者阿吉纳尔多，暗杀了受过西班牙精英教育，但在军队毫无根基的另一位独立运动领导人卢纳。
当时反美态度坚决的卢纳为妥协派所不容，1899年6月4日，他接到了阿吉纳尔多一份召见的电报，他只带了两名保卫人员前往赴约。
当他来到总统